在宇宙世纪（U.C.）0093年，那个妄图将阿克西斯推向地球、引发“核冬天”的男人——夏亚·阿兹纳布尔，在高达的反抗之下最终失败身死，十二年后，即U.C.0105年，地球与宇宙殖民地仍是一片混乱，愈加腐败的地球联邦却一心考虑如何把留在地球的平民送上宇宙，只留下特权阶级享受地球的美景。
在这种局面下，出现了一位化名为马夫蒂·纳比尤·艾林的人物，他与同名组织“马夫蒂”，以地球联邦的高官阁僚为目标，不断实施暗杀行动。而这位马夫蒂的真面目，竟然是在当年夏亚叛乱之时，还是少年就驾驶机动战士出战的哈萨维·诺亚，而他的父亲则是鼎鼎大名的地球联邦舰长布莱德·诺亚。
父亲是地球联邦的英雄，自己却是反地球联邦的头领，究竟是怎样的经历让哈萨维走上了这样一条不归之路？当哈萨维隐藏身份，与地球联邦的阁僚们同乘航天飞机降落至地球时，他又看到了什么？是不可一世的阁僚们，还是在飞机里惊艳了所有人的美丽少女——琪琪？

（上）
序
1 琪琪
2 休息室
3 肯尼斯
4 劫机
5 哈萨维
6 着陆地
7 和琪琪一起
8 酒店
9 联络
10 猎人
11 米诺夫斯基飞行器
12 惊吓
13 指挥官
14 年轻的驾驶员
15 喀耳刻部队
16 逃亡之路
17 海洋上
18 餐厅
19 “海椰子”
20 追捕之路
21 起飞
22 对决
（中）
1 处境
2 凯莉亚·德斯
3 英勇号
4 途经运河
5 欧恩贝里的印记
6 马夫蒂·纳比尤·艾林
7 琪琪和肯尼斯
8 公寓
9 床上内衣
10 探求
11 女孩和女人
12 离开达尔文市
13 信息
14 暗夜之伤
15 琪琪之泉
16 两个隆迪尼翁
17 乌鲁鲁
18 狭窄的空间
（下）
1 本地广播
2 障眼法
3 不同的处境
4 早晨时
5 连续起飞
6 精准防卫
7 取得成功
8 森林之下
9 再度
10 战败
11 尘卷风
12 行刑前日
13 枪决
14 在那之后
15 马兰比吉