本套标准中的规章制度是针对南水北调中线干线工程运行管理需要协调统一的管理事项所制定的办法、规定、预案等，是现阶段与管理标准共存的一种形式。规章制度共两个分册，本书为第一分册，包含33项办法、规定，涵盖了综合行政、法律事务、计划合同、财务资产、人力资源、科研技术、安全监测、输水调度、水质与环境保护、工程巡查、土建绿化维护、应急与防汛、安全生产、安全保卫专业。其主要内容是对公文、印章、保密、督办等综合行政事务，法律事务，计划、统计、合同管理及采购，干部任用、职位、绩效、考勤休假等人力资源管理，科技创新、成果应用，安全监测管理，中控室及水质自动监测站创优争先，防汛值班、工巡人员及土建维护项目管理，运行安全及警务室管理，运行管理责任追究、问题查改及安全运行津贴发放等管理事项作出了规定。
第二分册，包含18项办法、规定、预案。其主要内容包括了突发事件应急管理办法、信息报告规定、应急调度预案、水体藻类影响防控方案，以及综合、安全事故、防汛、穿越工程突发事件、火灾事故、交通事故、冰冻灾害、群体性事件、恐怖事件、地震灾害、涉外突发事件、水污染事件、突发社会舆情、网络安全事件等应急预案。

第一分册
公文处理实施办法
印章管理办法
保密工作管理办法
督办工作管理办法
办公自动化系统运行管理办法
法律事务管理办法
计划管理办法
统计管理办法
合同管理办法
招标项目采购管理办法
非招标项目采购管理办法
会计基础工作规范化指引 第1号——会计分录摘要编写
会计基础工作规范化指引 第2号——涉税业务及账务处理
会计基础工作规范化指引 第3号——记账凭证附件管理
会计基础工作规范实施细则
干部选拔任用办法
职位管理办法
绩效考核办法
考勤休假管理办法
技术委员会章程
科技创新奖励办法
科技成果应用证明和效益证明办理规定
工程运行安全监测管理办法
中控室标准化建设达标及创优争先管理办法
水质自动监测站标准化建设达标及创优争先管理办法
土建工程维修养护项目管理办法
工程防汛值班工作制度
工程巡查人员考核办法
运行安全生产管理办法
工程运行管理责任追究规定
工程运行管理问题查改工作规定
警务室奖励办法
安全运行津贴发放管理规定
第二分册
工程突发事件应急管理办法
工程突发事件综合应急预案
工程突发事件信息报告规定
工程突发事件应急调度预案
工程运行期工程安全事故应急预案
工程防汛应急预案
穿越工程突发事件应急预案
工程火灾事故应急预案
工程交通事故应急预案
工程冰冻灾害应急预案
工程群体性事件应急预案
工程恐怖事件应急预案
工程地震灾害应急预案
工程涉外突发事件应急预案
工程水污染事件应急预案
工程水体藻类影响防控方案
工程突发社会舆情应急预案
工程网络安全事件应急预案