《分子模拟》（第二版）第一篇为分子模拟原理，在介绍分子模拟的物理和化学原理，如统计力学、力场、能量最小化和量子化学等内容的基础上，介绍了一些模拟基本方法，如Monte Carlo模拟、分子动力学模拟、介观模拟、定量结构性质关系等。第二篇为分子模拟实验，以具体实例介绍了分子模型的创建与优化、分子性质的计算和分析、势能面的构建、化学反应模拟、分子光谱计算、均相体系和多相体系的分子动力学模拟、固体材料表面吸附行为的Monte Carlo模拟、粗粒化及介观模拟、定量构效关系预测等内容。为了提高读者的操作能力，本书附有一些计算实例和运行脚本，读者可扫二维码学习。附录为Materials Studio、Gromacs的简明操作手册，Orgin自定义函数拟合及构建三维势能面、能量折线图的方法等内容，读者扫描二维码可查看。
《分子模拟》（第二版）可作为化学、化工、材料、生命科学、医药等专业高年级本科生和研究生的教材，也可供相关领域的科研工作者参考使用。

第一篇 分子模拟原理
第1章 绪论
1.1 分子模拟基本概念
1.1.1 坐标系
1.1.2 分子图形
1.1.3 分子表面
1.1.4 原子模型和粗粒模型
1.1.5 模拟方法
1.2 分子模拟发展史
1.2.1 早期的刚性球势和Lennard-Jones势
1.2.2 小的非极性分子
1.2.3 极性分子和离子
1.2.4 链分子和聚合物
1.2.5 分子模拟中的系综
1.2.6 多体相互作用
1.2.7 非平衡分子动力学模拟
1.3 分子模拟软件和资源
1.4 分子模拟学习方法
参考文献
第2章 统计力学基础
2.1 统计力学基本原理
2.1.1 系综
2.1.2 热力学平均
2.1.3 其他涨落热力学性质
2.1.4 输运系数
2.2 粒子动力学
2.2.1 非约束粒子的运动
2.2.2 受约束粒子的运动
2.2.3 位力定理
参考文献
第3章 力场
3.1 势函数
3.2 简正模式
3.2.1 特征运动
3.2.2 分子光谱
3.2.3 光谱与力常数
3.3 简单体系的分子力场
3.4 势能函数的具体形式
3.4.1 键伸缩势
3.4.2 键角弯曲势
3.4.3 二面角扭转势
3.4.4 离平面的弯曲势
3.4.5 交叉项
3.4.6 van der Waals势
3.4.7 静电相互作用
3.4.8 氢键势
3.5 常见的力场
3.5.1 OPLS力场
3.5.2 ECEPP/3力场
3.5.3 AMBER力场
3.5.4 CHARMM力场
3.5.5 MM3力场
3.5.6 CFF力场
3.5.7 通用力场
3.5.8 COMPASS力场
3.6 联合原子和约化处理
3.7 粗粒力场
3.7.1 MARTINI力场
3.7.2 从全原子到粗粒模型
3.8 多体势
……
第二篇 分子模拟实验
附录
第一版后记