微生物在土壤物质转化和能量循环过程中起到举足轻重的作用，是土壤肥力形成和可持续发展的核心驱动力。土壤微生物分子生态学研究方法作为其重要的研究方向和关注热点之一，在研究理论、技术方法和成果应用等方面取得了显著的进展。本书综述了土壤微生物传统经典方法和现代新技术进展，分别从土壤微生物生态学概述、土壤样品的基本采样原则及取样方法、常用土壤理化指标和检测方法、土壤微生物的分离与鉴定、农业微生物生态学研究经典技术和方法、农业微生物生态学的生理生化法、土壤微生物生态学常用分子Marker、农业微生物生态学的分子生物学方法等方面进行了介绍，同时，书后附录了微生物生态学常用分析软件、数据库及相关SCI期刊，以及专业名词列表，以方便读者查阅。
本书将传统方法和现代分子生态学方法融合贯通，具有很强的系统性、指导性、实用性和操作性，既是一本工具书，也是一本实验教材，可作为高等院校和科研院所相关专业师生和科研工作者的实验教材及参考用书。

马鸣超，博士，中国农业科学院农业资源与农业区划研究所副研究员，现任农业农村部微生物肥料和食用菌菌种质量监督检验测试中心办公室主任、农业农村部微生物产品质量安全风险评估实验室副主任，中国微生物学会农业微生物学专业委员会秘书，北京市微生物学会理事。先后主持国家自然科学基金青年基金，农业行业管理业务经费项目，国家农产品质量安全风险评估重大专项课题等10余项，以第一作者/通讯作者发表论文20篇，主编专著1部，颁布农业行业标准6项，授权发明专利2项。主要从事微生物肥料功效机制、质检技术、风险评估、标准体系建设和土壤微生物等相关研究。

1 土壤微生物生态学概述
1.1 土壤微生物生态学的研究对象
1.2 土壤微生物生态学的研究方法
2 土壤样品的基本采样原则及取样方法
2.1 样品类型的划分
2.2 样品采集的原则
2.3 样品采集的方法
3 常用土壤理化指标和检测方法
3.1 土壤水分的测定
3.2 土壤酸碱度的测定
3.3 土壤全氮含量的测定
3.4 土壤全磷含量的测定
3.5 土壤全钾含量的测定
3.6 土壤有效磷含量的测定
3.7 土壤速效钾含量的测定
3.8 土壤硝态氮含量的测定
3.9 土壤铵态氮含量的测定
3.10 土壤有机质含量的测定
4 土壤微生物的分离与鉴定
4.1 常用鉴别培养基和选择培养基的配制
4.2 土壤中异养细菌的分离
4.3 细菌生理生化试验
4.4 细菌分子生物学鉴定
4.5 土壤中异养真菌的分离
4.6 真菌的分子生物学鉴定方法
5 农业微生物生态学研究经典技术和方法
5.1 土壤中拮抗物产生菌的分离筛选和鉴定
5.2 农田土壤微生物呼吸测定法（基础呼吸和诱导呼吸）
5.3 农田土壤酶活力测定
5.4 农田土壤微生物量碳氮的测定
5.5 土壤生物地球化学强度测定
5.6 土壤中不可培养微生物的研究进展
6 农业微生物生态学的生理生化法
6.1 Biolog法研究华北潮土中微生物的功能多样性
6.2 磷脂脂肪酸（PLFA）图谱法分析土壤中微生物群落结构
7 土壤微生物生态学常用分子Marker
8 农业微生物生态学的分子生物学方法
8.1 变性梯度凝胶电泳（DGGE）法研究土壤微生物多样性
8.2 随机扩增多态DNA（RAPD）法研究土壤中微生物多样性
8.3 T-RFLP检测土壤细菌群落结构与动态变化
8.4 克隆文库法研究土壤中好氧氨氧化微生物群落结构
8.5 CARD-FISH检测土壤中总细菌数量
8.6 荧光定量PCR法检测土壤中总细菌丰度
8.7 基于PMA方法检测农田土壤中活性细菌丰度
8.8 稳定性同位素技术在功能微生物原位鉴定中的应用
8.9 功能基因芯片技术研究土壤中的微生物功能多样性
8.10 高通量测序技术及其在微生物生态学研究中的应用
附录1 微生物生态常用分析软件、数据库及相关SCI期刊简介
附录2 专业名词列表