本书以进化生物学的基本原理为基础，重点阐述真菌进化与系统生物学，适当兼顾卵菌和黏菌，内容涵盖宏观的进化生物学概述、真菌物种的形成与多样性及分类系统，微观的真菌形态建成与代谢的进化、物种的遗传进化、种群的微进化、协同进化，以及真菌宏进化等，同时包括真菌分子进化的分析方法和进化生物学应用，较为系统地论述了真菌进化生物学的新观念和研究进展。
本书可作为微生物学、进化生物学、生态学、保护生物学、农学、植物保护、森林保护及环境保护等专业的研究生教材，也可作为相关专业科研工作者的参考用书。

第一章 进化生物学概述
第一节 进化生物学与生物进化的定义
第二节 进化生物学的发展历程和主要理论
第三节 进化生物学的主要研究证据和研究方法
第四节 进化生物学的其他研究证据和研究方法
第五节 如何学习进化生物学
第二章 真菌物种的形成与多样性
第一节 真菌物种概念
第二节 物种的形成
第三节 物种形成隔离机制
第四节 真菌生物多样性
第三章 真菌分类系统与进化
第一节 真菌命名法规
第二节 真菌分类系统概述
第三节 极早期分化真菌分类系统与进化
第四节 壶菌分类系统与进化
第五节 接合菌分类系统与进化
第六节 担子菌分类系统与进化
第七节 子囊菌进化
第八节 类真菌菌物——茸鞭生物界菌物
第九节 类真菌菌物——原生生物界菌物
第四章 真菌形态建成与代谢的进化
第一节 单细胞向多细胞真菌的演化
第二节 菌丝体进化
第三节 真菌多态性
第四节 真菌的次级代谢进化与调控
第五章 真菌物种的遗传进化
第一节 自然选择
第二节 真菌的生殖及进化
第三节 真菌发育进化
第四节 真菌表观遗传调控与进化
第五节 真菌基因组的进化
第六节 真菌线粒体基因组进化
第六章 真菌种群的微进化
第一节 微进化
第二节 种群的遗传多态性
第三节 随机遗传进化
第四节 适应性进化
第五节 定向进化
第七章 真菌的协同进化
第一节 种间关系
第二节 协同进化
第三节 共生协同进化
第四节 寄生协同进化
第五节 捕食与竞争协同进化
第八章 真菌宏进化
第一节 宏进化的概念
第二节 进化速率与宏进化式样
第三节 宏进化趋势
第四节 宏进化的表现
第五节 灭绝
第六节 宏进化的实验研究
第九章 真菌分子进化的分析方法
第一节 系统发生树的基本概念
第二节 系统发生树的推断方法
第三节 系统发生树的统计检验
第四节 分歧时间估计及其理论基础
第五节 物种树和基因树
第六节 全基因组水平的系统发生树构建
第十章 真菌进化生物学应用
第一节 真菌次级代谢产物多样性与应用
第二节 驯化与育种
第三节 基因工程
第四节 合成生物学元件挖掘和底盘构建
第五节 从菌种选育到细胞工厂