卷一 礼集

 正医法

 反医法

 顺医法

 逆医法

 内治法

 外治法

 完治法

 碎治法

 大治法

 小治法

 偏治法

 全治法

 生治法

 死治法

卷二 乐集

 上治法

 中治法

 下治法

 先治法

 后治法

 急治法

 缓治法

 本治法

 末治法

 不内外治法

 阴治法

 阳治法

……

卷三 射集

卷四 御集

卷五 书集

卷六 数集

跋

《石室秘录》卷一至卷五上半部分，以治法为纲，依次列举了一百二十八种治法。卷五下半部分论述了五行、脏腑、阴阳、昼夜、四时等十七论以及儿科诊法等。卷六为伤寒、中寒、中暑、水湿、热症、燥症、内伤七门，每门中分别论述了相关疾病的治法，以及血症、腹痛、喉痛等十六种杂症的治法。这种以治法为纲的编写方法，是本书的主要特点。陈士铎在这部书中总结和记录了自己的临证经验，具有很高的临床指导价值。

陈士铎著的《石室秘录》是中医古籍中唯一一部以治法为主要内容和标目的著作。全书分6卷，依次分为礼、乐、射、御、书、数六集，各集之中以治法为目。其中，礼集中载14种治法，乐集载30种治法，射集中载39种治法，御集中载33种治法，书集中载12种治法和17论，数集中载有7大类疾病（7门）和16种杂病。全书论述总计128法、17论、7门、16杂病，内容闸述了内、外、妇、儿、五官等100种左右疾病的证治，收古今成方及作者自定方500余首，其中大多处方为白裁，是中医古籍中理论联系实际、理法方药俱备的治法专著。