《本草纲目》共 52卷，采用“目随纲举”编写体例。包括序例，历代诸家本草，百病主治药等，载药一千八百余种，附图千余种。其中以部为“纲”，以类为“目”，计分16部（水、火、土、金石、草、谷、菜、果、木、服器、虫、鳞、介、禽、兽、人）60类。部之下为60类，各类中常将许多同科属生物排列在一起。其中“释名”列举别名，解释命名意义；“集解”介绍药物出产、形态、采收等；“辨疑”（“正误”）类集诸家之说，辨析纠正药物疑误；“修治”述炮炙方法；“气味”“主治”“发明”阐述药性理论，提示用药要点，其下每多作者个人见解；“附方”以病为题，附列相关方剂。本次编定《本草纲目》突出了实用性，挑选了对当代人依然有使用价值的条目。

第一部 草部
甘草
黄耆
人参
沙参
淫羊藿
仙茅
地榆
丹参
白及
三七
荠苊
桔梗
黄精
萎蕤
知母
肉苁蓉
天麻
苍术
狗脊
远志
黄连
黄芩
茈胡
防风
独活
升麻
苦参
……
第二部 木部
第三部 果部
第四部 菜部
第五部 谷部
第六部 鳞部
第七部 兽部
第八部 禽部
附录