吴崐编著的《针方六集》共分六卷分别是：卷一《神照集》，论经脉流注经穴及奇穴；卷二《开蒙集》，载《窦太师标幽赋》（吴注）、八法针方（八穴）、五门针方（五腧穴），及十二经补母泻子法；卷三《尊经集》，集录《内经》中有关针灸的内容共148节；卷四《旁通集》，作者阐发针灸学的一些短论45节，修金针赋24条，对于八法的理论尤独特的见解；卷五《纷署集》，详述身体各部位的腧穴的取穴方法和主病；卷六《兼罗集》，载玉龙歌等歌赋注释以及灸法等。现存初刻本、抄本。

卷之一 神照集

手足三阴三阳流注总论一

 十二藏相使贵贱

 手足六阴经及任脉经穴起止详后

 手足六阳经及督脉经穴起止详后

正人明堂经穴总图二

伏人明堂经穴总图三

《灵枢》骨度四

《明堂》取穴法五

正人脏腑图六

伏人脏腑图七

手太阴肺经图穴八

 手太阴肺经

 手太阴肺经所发十一穴

 肺经穴法分寸歌

手阳明大肠经图穴九

 手阳明大肠经

 手阳明大肠经所发二十穴

 大肠经穴法分寸歌

足阳明胃经图穴十

 足阳明胃经

 足阳明胃经所发四十五穴

 足阳明经穴法分寸歌

足太阴脾经图穴十一

 足太阴脾经

 足太阴脾经所发二十一穴

 脾经穴法分寸歌

手少阴心经图穴十二

 手少阴心经

 手少阴心经所发九穴

 心经穴法分寸歌

手太阳小肠经图穴十三

 手太阳小肠经

 手太阳小肠经所发一十九穴

 小肠经穴法分寸歌

足太阳膀胱经图穴十四

 足太阳膀胱经

 足太阳膀胱经所发六十三穴

 膀胱经穴法分寸歌

足少阴肾经图穴十五

 足少阴肾经

 足少阴肾经所发二十七穴

 肾经穴法分寸歌

心主手厥阴包络经图穴十六

 心主手厥阴心包络经

 手厥阴心包络脉所发九穴

 心包络经部穴分寸歌

手少阳三焦经图穴十七

 手少阳三焦经

 手少阳三焦经所发二十三穴

 三焦经部穴分寸歌

足少阳胆经图穴十八

 足少阳胆经

 足少阳胆经所发四十四穴

 胆经穴法分寸歌

足厥阴肝经图穴十九

 足厥阴肝经

 足厥阴肝经所发一十三穴-

 肝经穴法分寸歌

督脉图穴二十

 督脉

 督脉所发二十七穴

 督脉经穴分寸歌

任脉图穴二十一

 任脉

 任脉所发二十四穴

 任脉穴法分寸歌

冲脉二十二

 《针经》冲脉所发一十二穴

 冲脉经穴歌

带脉二十三

 《针经》带脉所发二穴

 带脉穴歌

阳蹻脉二十四

 《针经》阳蹻脉所发一十穴

 阳蹻穴歌

阴蹻脉二十五

 《针经》阴蹻脉所发二穴

 阴蹻穴歌

阳维脉二十六

 《针经》阳维脉所发一十三穴

 阳维穴歌

阴维脉二十七

 《针经》阴维脉所发七穴

 阴维穴歌

 附 《针经》不载诸家奇穴二十八

睛中穴主治内障二十九

 龙木居士金针拔转瞳人妙诀

 针内障秘诀歌

 针内障要歌

卷之二 开蒙集

卷之三 尊经集

卷之四 旁通集

卷之五 纷署集

卷之六 兼罗集

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附录