马允伦编著的《太平天国时期温州史料汇编》包括红巾军起义、金钱会起义、太平军进兵温州、红布会起义等四部分史料。

该书保存着大量温州古史的宝贵资料，在温州历代方志中有承前启后的地位，将大大丰富人们对古代温州的认识。

《温州文献丛书》出版缘起

前言

凡例

辑一 红巾军起义史料

 红巾军檄文（二篇）

 乐清县志·寇警

 永嘉县志·武备—兵事

 红寇记

 戡平瞿振汉档案

辑二 金钱会起义史料

 平浙纪略（选录）

 民国《平阳县志》（选录）

 民国《瑞安县志稿》（选录）

 光绪《永嘉县志》（选录）

 泰顺分疆录（选录）

 景宁县志（选录）

 钱虏爰书

 章安杂说（选录）

 会匪纪略

 逊学斋文钞（选录）

 钱匪纪略

 瑞安东区乡团剿匪记

 瑞安西北乡团练防剿记

 濒江战守日记

 咸丰十一年浙江平阳金钱会案

 左宗棠奏稿（选录）

 金钱会义帖

 记匪患

 与蔡凤琴（华）书

 越缦堂日记（一则）

 籀园笔记（一则）

 附录

 赵起、蔡华、陈成开宗谱资料

 金钱会起义民歌十二首

 金钱诗

辑三 太平军进兵温州史料

 平浙纪略（选录）

 永嘉县志（选录）

 民国补刻《乐清县志》（选录）

 垂涕集

 粤寇纪事诗

 附录

 白承恩遗事证闻

辑四 红布会起义史料

 福宁纪事（选录）