周学海编著的《周学海脉学四书》以《周氏医学丛书》1936年福慧双修馆藏版影印本为底本，以《周澄之脉学四种》1896年刊本为主校本，并参考了中国中医药出版社出版的《周学海医学全书》及相关著作进行校勘。具体校注方法如下。
1．全书简体横排，原书方位词“右”统一改为“上”，并用新式标点。
2．对于底本原文中的明显错别字，直接改正，不出校注。对异体字、繁体字、俗写字，一律改为标准简化字。对于古今字，如能明确其含义者，均改为今字。
3．如底本原文与校本互异，明显属于底本的讹、脱、衍、倒者，予以校改，并出校注明据改的版本或书名；如果难以确定是非或两义均通者，则不改底本原文，只在校记中注明互异之处；若显系校本讹误者，则不予处理。
4．若底本与校本无异，但字词错讹，有悖文意者，则据文意改正，并出注说明。
5．对古奥冷僻字词，音义难明或文句晦涩、意义费解者予以简略注释。通假字则注明本字本义。
6．书中引据经文颇多，且多参以己见，故凡文意通者，一般不出校，不作改动。