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前言
缩写词和术语
1 生物学问题
1.1 为什么进行基因表达?
1.1.1 生物技术的进展
1.1.2 生物学相关的研究
1.2 研究问题
1.2.1 相关性和实验研究对比
1.3 研究课题的主要类型
1.3.1 两组间比较
1.3.2 多组间比较
1.3.3 不同治疗方式间的比较
1.3.4 多组与对照组的比较
1.3.5 研究主题内的变化
1.3.6 分类和预测样本
2 Affymetrix芯片技术
2.1 探针
2.2 探针组
2.2.1 标准探针组的定义
2.2.2 客户可选择的芯片描述文件(CDF)
2.3 芯片类型
2.3.1 标准表达检测芯片
2.3.2 外显子芯片
2.3.3 基因芯片
2.3.4 叠瓦芯片
2.3.5 用于某项研究的专用芯片
2.4 标准实验室芯片实验流程
2.4.1 体外转录分析
2.4.2 全转录本正义链标记
2.5 Affymetrix芯片的数据质量
2.5.1 分析数据的重复性
2.5.2 分析数据的稳定性
2.5.3 分析的敏感性
3 实验操作
3.1 生物学实验
3.1.1 生物学背景
3.1.1.1 实验目的/假设
3.1.1.2 技术平台
3.1.1.3 mRNA水平的预期改变
3.1.2 样本
3.1.2.1 选择合适的样品/组织
3.1.2.2 样本的类型
3.1.2.3 样本的异质性
3.1.2.4 性别
3.1.2.5 时间点
3.1.2.6 样本切割引起的误差
3.1.2.7 动物处理产生的误差
3.1.2.8 RNA的质量
3.1.2.9 RNA的数量
3.1.3 预实验
3.1.4 主实验
3.1.4.1 对照实验
3.1.4.2 实验处理
3.1.4.3 分批实验
3.1.4.4 随机化
3.1.4.5 标准化
3.1.4.6 选择对照
3.1.4.7 样品量/重复次数/费用
3.1.4.8 平衡设计
3.1.4.9 对照样本
3.1.4.10 样本混合
3.1.4.11 实验记录
……
4 数据分析预处理
5 数据分析
6 分析结果表示
7 药物研发
8 使用R和Bioconductor
9 未来前景
参考文献
索引