蔡元培从小性格沉静，尤其喜欢看书，一旦沉人书中，---什么事都影响不了他。一次他在楼上房间看书，突然家人大叫起来，原来家中某处起火了，且火光越来越大，渐有蔓延之势。家人都慌乱起来。他的哥哥想起蔡元培还在楼上看书，就急忙上来叫道：“起火了，快下楼!”谁知蔡元培依然翻着书说：“知道了。”哥哥见他沉迷于书中，镇定自若，只得转身下楼和家人加紧灭火。待火灭下去，哥哥上楼，见蔡元培举起书高兴地说：“我终于把这本书看完了，这本书写得太好了!”
蔡元培的母亲患上了重病，久未治愈。蔡元培想起当年祖母病重，七祖父割臂肉人药，祖母的病竟然好了，于是他也悄悄割下一块臂肉放进药里，给母亲服下。因手臂受伤，不能使劲，被他的哥哥发现，在哥哥的追问下，蔡元培只得承认自己割肉救母的事情。母亲听说后，感动得热泪盈眶。
蔡元培与第一任妻子王昭的婚姻，属于母亲包办的旧式婚姻，二人开始谈不上有丝毫感情。蔡元培有大男子主义思想，要求王昭无条件服从他，因而二人经常吵架。后来，蔡元培接受了西方男女平等的思想，决定调整与妻子的关系。于是，他以男女平等为出发点，写出了《夫妻公约》，二人从此开始相互了解和理解，过起了幸福的生活。
虽然蔡元培读书遵循传统的学以致仕的路径，但他的读书范围非常广，完全逾出了四书五经这类用于考试的读物。随着年龄的增加，他凭兴趣读书的趋向更加明显，就是所写的八股文也和别人不一样，被人称之为“怪八股”。没想到，就是这样的“怪八股”竟然让他中了举人。
在成为贡士后，蔡元培回到家乡，应邀到上虞县编修县志。他对传统的县志编法大加创新，使得新的县志与以往的有很多不同，这引起了一起编修县志的同事的嘲笑。于是蔡元培特意撰文说明自己如此编修的理由，不料同事们依然墨守成规，不认同他的创新，蔡元培于是辞职而去。
蔡元培虽然没将科举致仕当作读书的首要目的，但他的科考之路却是一片坦途。他17岁中秀才，21岁中举人，22岁中贡士，24岁考为进士，26岁被授予翰林院编修。短短几年间，年纪轻轻的蔡元培就达到了科举时代一个读书人所能到达的最高峰，真是令时人羡慕。
甲午战争战败后，举国深感改革之急迫。以康有为、梁启超为首的维新派得到了皇帝和时人的认可与推崇，一时成了朝野显赫的人物，不少人都以能结识他们为荣。蔡元培对维新派的主张也非常赞赏，在维新派中，他尤其佩服谭嗣同。对身处翰林院的他来说，要结交维新派人物乃是极为容易的事，但他没有主动去结交，因为这样很可能被人们认为是趋炎附势。
维新派里少数人士因为一时受到皇帝重用而得意忘形，说起以慈禧为首的一批守旧人士，满脸不屑，甚而不顾身份地肆意毒骂。蔡元培很不喜欢这样的人，他认为不论做什么，都不能采取这样有失做人准则的方式。
1898年9月21日，维新变法运动被慈禧扑灭。蔡元培对腐败不堪的清廷失去希望，1O月，乃果决放弃高官厚禄，离开了士人所欣羡的翰林院，离开了京城，回到家乡，从此开启了他投身教育事业的征程。
蔡元培主持绍兴府学堂时，师生逐渐分化为新旧两派，常发生争辩，每在午餐和晚餐时最为集中。学堂餐厅放多张方桌，每桌教员一位、学生六位，凡不与学生同桌的教员同坐中间圆桌，随意争论。师生多数持新派主张，旧派势单力薄。校董也是旧派人物，他婉劝蔡元培对旧派采支持态度。此时的蔡元培倾心新学，对新派知识分子非常欣赏，而今见校董出面如此劝告，他实在不愿违心，乃愤而辞职。
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