《医方论》4卷，刊于1865年。该书以汪昂《医方集解》的方剂为蓝本，选用其正文358首（不含附方急救良方），删去《医方集解》各方的主治及其注文，费氏逐方另加评论和阐释，根据自身的临床经验，对其正确者予以褒扬，对其不当者则予以评判，费氏之见颇多建树，具有临床应用价值。
费伯雄专著的《医方论》现有版本：清同治四年（1865）刻本、清同治五年（1866）耕心堂刻本、清光绪三年（1877）千顷堂书局刻本及无名刻本、清光绪十四年（1888）扫叶山房刻本、清光绪二十三年（1897）刻本、清光绪二十七年（1901）上海书局石印本、1936年上海中国文学书局刻本等。