霍奇曼编著的《生物信息学(第2版中译版)》章节主要分成3部分，第一部分(A章和B章)主要对这个学科进行介绍。A章概述了使生物信息学成为一个必需领域的因素。B章主要介绍该学科从20世纪60年代兴起，经过令人振奋(或是令人兴奋)的20世纪90年代，直到生物信息学正应用于所有类型的生物学信息处理的21世纪的简要历史(通过一系列对生物信息学这一术语定义的演变过程)。
第二部分是信息学的基础部分(C～I章)：物理学、数学和计算机科学。但缺少一项重要内容——计算机编程，其是生物信息学的基本技能，受图书篇幅限制，无法详细阐述。由于这是一个特别实用的领域，最好是将这个问题留给大量的其他可以利用的书籍。不过，我们尽力概述有效的数据管理和程序设计习惯的基础知识。
第三部分是生物学的应用领域(J～R章)。它包括3个部分：分子生物学，新陈代谢、解剖学、生理学，复杂的信息来源(特别是图像的数据集和自然语言文本)。后者仍然是提取准确的量化数据最困难的地方，第二部分和第三部分的关联如下图所示，它强调基础部分的基础性、重要性。从二者紧密联系的网络来看，它们二者的应用领域都存在明显的相互依赖关系。