本书以氨基酸序列结构表征为主线,构建了针对各种功能多肽与蛋白质分子序列结构表征的新物化描述子VHESH和拓扑结构描述子VSTPV。将两描述子用于各种功能多肽及蛋白质的定量构效关系研究,并对建模方法与技术的比较,进而对其活性预测及分子设计等研究。
定量构效关系是一种借助分子的理化性质参数或结构参数,以数学和统计学手段定量研究结构与性质的方法。通过计算建模,可以得到实验方法无法得到的资料,因此该方法广泛应用于药物、农药、化学毒剂等生物活性分子的合理设计。由于定量关系研究涉及面广,本书主要研究蛋白质多肽的定量构效关系。书中具体介绍了氨基酸结构表征方法、一般统计建模方法、多肽及蛋白质定量关系研究,图文并茂,实例生动。
本书适用于生物化学、药学及蛋白质组学相关专业的研究人员以及相关专业的学生使用。
1 绪论
1.1 定量构效关系研究概述
1.2 肽定量构效关系研究进展
1.3 蛋白质特性及功能预测研究进展
1.4 本书主要研究内容及创新之处
2 统计建模方法与模型分析
2.1 统计建模方法
2.2 模型的评价
2.3 模型应用域
3 氨基酸分子结构表征
3.1 分子结构表征方法
3.2 氨基酸物化描述子——VHESH
3.3 氨基酸拓扑描述子——VSTPV
4 肽定量构效关系研究
4.1 血管紧张素转化酶抑制剂定量构效关系研究
4.2 后叶催产素定量构效关系研究
4.3 人类1型双载蛋白SH3结构域亲和肽定量构效关系研究
4.4 阳离子抗菌肽定量构效关系研究
4.5 细胞穿膜肽预测
4.6 小结
5 肽衍生物定量构效关系研究
5.1 缓激肽促进剂定量构效关系研究
5.2 牛乳铁蛋白水解肽抗菌活性定量构效关系研究
5.3 弹性蛋白酶.底物反应动力学常数定量构效关系研究
5.4 小结
6 蛋白质结构与特性及功能关系研究
6.1 人免疫缺陷病毒蛋白酶裂解位点预测研究
6.2 蛋白激酶磷酸化特异位点预测研究
6.3 蛋白质与RNA相互作用位点预测研究
6.4 小结
7 结论与展望
7.1 结论
7.2 展望
附录
参考文献