熊选国主编的《刑法办案通典》体例结构为：刑法条文——条文修订历史——关联文件——条文适用说明。目录总则部分按法条顺序排列，分则部分按罪名顺序排列。关联文件主要是有关刑法的法律、司法解释、可法解释性文件，其中录入1979年刑法施行以前的刑事法律、司法解释、司法解释性文件，以属于办案中应当适用或可以参照适用的现行有效的文件为限，1979年刑法施行以后的刑事法律、司法解释、司法解释性文件，不管现在是否废止，均予以摘录。本书资料收集的时间截止至2011年4月1日。
考虑到司法实践中有些案件可能还涉及旧法的适用问题，本书后附录了1979年刑法及1997年刑法施行以前的主要单行刑法等内容。