此书卷一、二、三为辨太阳病脉证治法上、中、下篇，卷四、五为辨阳明病脉证治法前、后篇，卷六为辨少阳病脉证治法全篇、辨合病并病脉证，卷七为辨太阴病脉证治法全篇，卷八、九为辨少阴病脉证治法前、后篇，卷十为辨厥阴病脉证治法全篇、辨差后劳复阴阳易病脉证，卷十一为辨温病风温脉证、辨霍乱病脉证、辨痰病水病脉证，卷十二为辨痉湿喝病脉证等。篇中诸条文字一遵经文，各篇之首皆发明大意于前，精详辨注于后，且颇有发挥。

《伤寒论条辨续注》正方

伤寒论条辨续注·卷一

 辨太阳病脉证治法上篇

桂枝汤方

五苓散

桃核承气汤方

抵当汤方

桂枝加附子汤方

桂枝加桂汤方

十枣汤方

桂枝人参汤方

葛根黄连黄芩汤方

桂枝汤去芍药汤方

桂枝汤去芍药加附子汤方

桂枝加厚朴杏仁汤方

大陷胸汤方

大陷胸丸

大柴胡汤方

伤寒论条辨续注·卷二

 辨太阳病脉证治法中篇

麻黄汤方

茯苓甘草汤方

小建中汤方

芍药甘草附子汤方

调胃承气汤方

桂枝新加汤方

麻黄杏仁甘草石膏汤方

桂枝甘草汤方

茯苓桂枝甘草大枣汤

厚朴生姜甘草半夏人参汤方

甘草泻心汤方

大黄黄连泻心汤

附子泻心汤方

半夏泻心汤方

赤石脂禹余粮汤方

旋覆代赭石汤方

小陷胸汤方

柴胡加桂枝汤方

柴胡加龙骨牡蛎汤方

干姜附子汤方

茯苓桂枝白术甘草汤方

干姜黄连黄芩汤方

炙甘草汤方

栀子厚朴汤方

栀子干姜汤方

栀子豉汤方

栀子甘草豉汤方

栀子生姜豉汤方

抵当丸方

桂枝附子汤方

桂枝附子去桂枝加白术汤方

甘草附子汤

麻黄连轺赤小豆汤方

茵陈蒿汤方

栀子柏皮汤方

柴胡加芒硝汤方

伤寒论条辨续注·卷三

 辨太阳病脉证治法下篇

大青龙汤方

桂枝麻黄各半汤方

桂枝二越婢一汤方

桂枝二麻黄一汤方

桂枝去桂加茯苓白术汤

桂枝去芍药加蜀漆龙骨牡蛎救逆汤方

桂枝甘草龙骨牡蛎汤方

甘草干姜汤方

芍药甘草汤方

茯苓四逆汤

小青龙汤方

白虎汤方

白虎加人参汤方

黄连汤方

伤寒论条辨续注·卷四

 辨阳明病脉证治法前篇

桂枝加葛根汤方

葛根汤方

小承气汤方

吴茱萸汤方

猪苓汤方

伤寒论条辨续注·卷五

 辨阳明病脉证治法后篇

蜜煎导方

猪胆汁方

大承气汤方

麻仁丸方

伤寒论条辨续注·卷六

 辨少阳病脉证治法全篇

小柴胡汤方

柴胡桂枝干姜汤方

 辨合病并病脉证治法

葛根加半夏汤方

黄芩汤方

黄芩加半夏生姜汤方

伤寒论条辨续注·卷七

 辨太阴病脉证治法全篇

桂枝加芍药汤方

桂枝加大黄汤方

伤寒论条辨续注·卷八

 辨少阴病脉证治法前篇

麻黄附子细辛汤方

麻黄附子甘草汤方

附子汤方

四逆汤方

白通汤方

白通加猪胆汁汤方

真武汤方

通脉四逆汤方

伤寒论条辨续注·卷九

 辨少阴病脉证治法后篇

黄连阿胶汤方

猪肤汤方

甘草汤方

桔梗汤方

半夏散及汤方

苦酒汤方

四逆散方

桃花汤方

伤寒论条辨续注·卷十

 辨厥阴病脉证治法全篇

当归四逆汤方

当归四逆加吴茱萸生姜汤方

乌梅丸方

麻黄升麻汤方

白头翁汤方

 辨差后劳复、阴阳易病脉证治法

枳实栀子豉汤方

牡蛎泽泻散方

竹叶石膏汤方

烧棍散方

伤寒论条辨续注·卷十一

 辨温热病脉证治法

 辨霍乱病脉证治法

理中圆方

四逆加人参汤方

 辨痰病水病脉证治法

瓜蒂散方

文蛤散方

白散方

伤寒论条辨续注·卷十二

 辨痉湿喝脉证治法

附：《金匮》栝蒌桂枝汤方

 辨湿病脉证治法

 辨喝病脉证治法

附：《金匮》一物瓜蒂汤方

附：《伤寒论条辨续注》十二卷提要