“改总统军务为经略大臣，赐勒保以印信，各路带兵大臣及总督宜绵、景安，巡抚倭什布、秦承恩、高杞等悉受勒保节制，明亮、额勒登保为副都统、参赞大臣。勒保接旨后，应带领重兵，或于川省、或于陕省，成中调度，统摄各路，若有不遵军令、贻误军情者，准勒保一面拿究，一面奏闻。”
写好诏令，恰好案头摆放着勒保慰问皇上的奏折，嘉庆帝又通过书信的形式向勒保训谕道：“先皇武功十全，开疆拓土，从没有似此次用兵迟延三年仍没蒇功者。先皇弥留之际，执朕之手，频望西南，满腔遗憾。你等满洲世家，上志父祖旧勋，不思尽忠报国，只知迁延岁月。更有甚者，终日于军中宴乐，对剿匪却总不尽心。朕若不继承先志，则大不孝矣，使朕有不孝之名，尔等当罪乎？”
嘉庆帝觉得将帅的问题已处理完毕，于是决定逮捕常丹葵和戴如煌以遂民愿。贼遇刘清而不击，被刘清杀而不加仇视怨恨，被招抚失信而不怪罪，此等百姓，皆性情中人，渴望清官，呼唤清官，敬畏清官，把清官奉作神灵，可见清官是少之又少。这样看来，王三槐所说的官逼民反是有道理的，对“教匪”，应剿抚并用，对投降者，应妥善安置处理。嘉庆帝谕日：
“教匪滋事，以官逼民反为词。昨冬贼首王三槐解京，讯供屡出此语，闻之恻然。是以暂停正法。我国家百数十年厚泽深仁，皇考临六十年痛癯在抱，普免钱粮漕粮，以及蠲缓赈贷，不啻亿万万，百姓安土乐业，焉肯铤而走险？缘亲民之吏，不能奉宣朝廷德意，激变至此。然州县剥削小民，不尽自肥己橐，半奉上司；而督抚之勒索属员，不尽安心贪黩，无非交结和坤。是层层股削，皆为和坤一人，而无穷之苦累，百姓当之。见在大憝已去，各省官吏，自当大法小廉，湔除积习，民无扰累，可遂其生。”
嘉庆一连作出许多重大的举措。不久，朱珪抵达北京，直奔永忠殿哭灵。皇上拉着朱珪的手痛哭失声，几年来，他如履薄冰，受了多少委屈，如今，终于有了倾诉心声的人；虽然亲政，他仍战战兢兢，百废待兴，如何做起，他焦虑不安。如今老师来了，他最可信任的人来了，他能不痛哭失声吗？
嘉庆帝命朱珪当值南书房，任户部尚书。朱珪走马上任，奏日：“数年来百姓苦甚，当减免赋税，平抑物价。至于军队粮饷，臣以为军在精而不在多，故军中不可再加军饷；而且，军中将官克扣挪用者甚多，当下旨严词制止。”
嘉庆日：“所言甚是。朕想，若百姓安居乐业，贼人也就无藏身之地与衣食供给。”
“是啊，若轻徭薄赋，百姓就可安居乐业。”
嘉庆帝对朱珪言听计从，每每谈到深夜。一天，在上书房中，皇上道：“朕甚爱这味余书室，故现在并没让与皇子等作书房，仍为朕用。朕不忍离去此室，实在怀念与师傅相处的那段岁月。”
朱珪道：“臣见皇上如今圣明灵聪，甚感欣慰，大清必又蒸蒸日上，繁荣昌盛。有一事，臣须奏皇上罢之。先朝于文章诗词一脉，搜索太苛，不唯遏止文治兴隆，而且使文人学子人人自危。写诗作文诋毁本朝，就如桀犬吠尧。圣人大公无私，如日在中天，什么不能容纳得下？如果把那些诗文毁弃或借此造成大狱，那么私自藏匿者更多，这是堵塞治水的办法。何况更多的诗文并不是诋毁本朝，只不过是捕风捉影、穿凿附会而已。”
于是清朝文字狱至嘉庆亲政时结束。
朝野上下见嘉庆帝亲近贤臣，崇尚节俭，勤政爱民，于是社会风气在渐渐地好转。
一天，朱珪又向嘉庆帝奏道：“皇上，尹壮图以耿直受到朝野的称赞，先皇也喜欢他的憨直，何不召他来京。”
内阁学士尹壮图被召还京师，他本是多年前奏劾和坤、批评时政，而被迫回家养母的。尹壮图刚到北京，见了嘉庆帝，马上就向皇上奏道：
“现在的当务之急，是荡清白莲教匪。但是，这还不是最根本、最急迫的，最急迫的事情莫过于整顿吏治。现在各种陋习相沿，督抚司道经过所属州县，随从动辄百余人，公馆五六处。他们索取供应，以致州县借口向百姓摊派。京城出差的大员，经过下面各省，督抚司道迎送，每天跟随，不离左右，途中宴请不断，吃喝不断；每到一处，地方都送上许多礼物。督抚司道衙门的铺设器用，修缮房物的费用，乃至喂养的马匹、乘坐的轿子、家中的凉棚煤炭等等，皆巧立名目由公款报销，或者由所在州县承办，摊派到百姓身上。府衙整日设宴征歌，蓄养优伶，每一次宴会犒赏，竟多达百金。这些风气如不扫除荡涤，那么最终就会使国家衰亡。风气日趋浮华，人心习成狡诈，属员以讨好巴结为能事，上司以下官逢迎为可喜，这种种事情，需要大刀阔斧地彻底整治。吏治日见澄清，贼匪自然消灭，贼匪不过是癣芥之疾，吏治实为腹心之患，决不能讳疾忌医，以致病人膏肓。”
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