神话时代，有一群守护希腊女神雅典娜的少年。他们的拳可以划破长空，他们的脚可以碎裂大地，他们被称为“雅典娜的圣斗士”。
古拉杜财团的城户光政为培养圣斗士守护雅典娜的化身沙织和人马座的圣衣，将一百名少年送往世界各地。成为圣斗士的星矢等人向邪恶根源教皇（双子座圣斗士撒加）发起挑战，与黄金圣斗士展开的死战。最后撒加自杀，从而结束了这场圣域之战。在星矢他们治伤的期间，世界民生巨变，海皇波塞冬出现了。
沙织亲自前去阻止灾难继续扩大。为了拯救世界，必须打败守护支柱的海斗士并摧毁支撑全世界海域的七支柱！星矢、紫龙、瞬、冰河穿着借由黄金圣斗士之血而复活并增强了的圣衣，以平秤座圣衣为武器，又展开了新一轮的战斗！