四、是女王，不是王后
西班牙历史学家指出，伊莎贝尔一世和费尔南多二世并没有合并他们的国家，只是联合。联合之后两国仍然各有自己的议会、政府、法律、法院、军队、税制和货币。不少西方历史学家都指出，西班牙当初所实行的是一种联邦制，这种制度更多的是来自阿拉贡而非卡斯蒂利亚，卡斯蒂利亚的制度是中央集权的。
伊莎贝尔一世从订婚时起就注意要保障自己的执政权力，她不是王后而是女王，要实行双王制，一切法令、文书都必须由双王共同签署，仅国王一人签署的无效。署名的时候，国王在前、女王在后，但纹章却必须卡斯蒂利亚的在前、阿拉贡的在后。两国臣民的国籍要分开，不得重叠。卡斯蒂利亚的骑士和城市只对女王一人宣誓效忠；阿拉贡的则不必向她宣誓。两国的财政也分开，连两位国王的个人收入都要分开。这些都白纸黑字地写在协议书里，并曾请西班牙最高地位的两位大主教仲裁、公证。事实上，这不仅是维护女王个人的权力，更是维护大贵族们的权益，唯此伊莎贝尔才可能在争夺王位的道路上最大限度地获得他们的支持。然而，这却给日后的西班牙国家体制带来了极其深远的影响。
费尔南多二世接受了伊莎贝尔一世提出的所有条件，因为这也十分符合他的想法。他的年龄虽然比妻子还小一岁，结婚时年仅17岁，但似乎比她更有城府。他后来成为那一时代整个欧洲最为狡猾的政治家。
马基雅维利说，费尔南多二世特别善于把目标隐藏起来以达成他的目标。费尔南多二世一门心思要建立一个像古代罗马那样的统一大帝国，帝国皇帝要统治各式各样的民族和国度，各国可以不尽一致，皇帝只需分派代表(副王衔总督)分别进行具体统治即可。他觉得，国王不必是他座下所有王国的共同国王，而只要是他们每个王国自己的国王即可。也就是说，一个国王可以分别统治许多不同的王国，一个王室更可以同时统治许多国家，而所有这些国家合起来就是一个伟大的帝国。直至今天，西班牙的国王仍然强调自己是国内各民族各自的国王，而非一个整体的国王。不过，费尔南多二世并不主张分散主权，所以他十分乐意地支持妻子以卡斯蒂利亚为主体来构建未来的新国家。后世学者们指出，这就是绝对主义王权的肇始。而绝对主义王权正是欧洲通往民族国家的过渡形式。在这个意义上说，伊莎贝尔一世和费尔南多二世是走在他们那个时代最前列的。
费尔南多二世在承诺保留卡斯蒂利亚权益的时候，也为阿拉贡(包括加泰罗尼亚)保留了自己的许多特权，包括加泰罗尼亚的议会等。这在当时完全符合阿拉贡贵族们的利益，也更符合巴塞罗那等城市的利益。但日后委托哥伦布探航美洲的是卡斯蒂利亚王国，所以阿拉贡(包括巴塞罗那)人无权染指美洲贸易，致使巴塞罗那富商们懊恼不已。而19世纪以来的加泰罗尼亚民族主义者们孜孜以求的一个奋斗目标恰恰是恢复当年费尔南多为当地保留的种种特权。
为每一个加入版图的“国度”保留特权，使他们得以保持本地传统，成了夫妇俩的惯例或规矩。夫妇俩巡视了他们的各个属地，接受领主们宣誓效忠的同时也与他们签订协议，说好可以保留哪些权力和传统。他们使得国家政体向着近代国家的模式演进，演进得基本上是一个绝对主义王权。不过，绝对主义国家应该是中央集权的专制王朝，而他们建立的国家却是既集权又分权的。
1479年，取得内战胜利以后的第二年，伊莎贝尔一世和费尔南多二世在托莱多城召集了一次非常重要的御前会议。参加者除了大贵族以外还有城市的代表。首先，经过内战而分裂的卡斯蒂利亚贵族需要统一起来，战败一方的贵族必须拆除他们所有的碉堡要塞(“卡斯蒂利亚”这个词的原意本身就是要塞之意)，同时将非他们“本分”的产业交与王室所有。今后，所有的贵族都不许再建要塞，而且所有的贵族都须将不属于他们应得的财产归还给王室。后面这一点，伊莎贝尔一世直到自己去世的时候都还念念不忘，王室还曾根据她的遗嘱收回了大量财产。王室向各城市派遣税收官，监督城市财政，并向贵族们退出行政职务的地方派出了非贵族出身的官员充任行政首脑。王室责成法学家迪亚斯·德·蒙塔尔沃编制了《卡斯蒂利亚皇家法典》，于1484年颁行。重组“圣兄弟会”，用以充任警察和密探的角色，用以维持各地方的治安与安定。
两位国王亲自出任了3个军功骑士团的大首领，在削弱各大贵族军事力量的同时，大力加强国王自己的军队，当然在战争时“民军”还将是军队的重要组成部分，而且在人数上还将大大超过王室军队。
这里还须提及此前的1478年。国王夫妇早在那一年便做了一件影响深远的事情，那就是得到教皇的圣谕，批准创办被后世永久唾骂的宗教裁判所。内战胜利以后，这一政策被大力推行。它是他们在国内统一宗教的重要手段。
加泰罗尼亚整整抵制了3年最终还是不得不接受，可见两位国王推行宗教统一政策的决心之大。其实，这一政策在当时是拥有广泛群众基础的，因为西班牙已经“被异教徒占领”了800年之久，“光复运动”长达500年之久，无论各王国的世俗利益如何不同，大家在宗教方面的使命是完全一致的。而且，这一政策的效果和力量都格外之大。因为伴随它的是一种极端的宗教狂热，这种狂热直到后来的大航海和海外征服都还是西班牙巨大能量的重要来源。西班牙很快就开始盛传一种“天命论”和弥赛亚传说，传说的暗喻直指费尔南多二世，说他是救世主降生，即将带领大家赶走异教徒，解放全西班牙，进而解放圣城耶路撒冷。
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