神话时代，有一群守护希腊女神雅典娜的少年。他们的拳能划破天空，他们的脚能碎裂大地，他们被称为“雅典娜的圣斗士”。
古拉杜财团的城户光政为培养圣斗士守护雅典娜的化身沙织和人马座的圣衣，将一百名少年送往世界各地。成为圣斗士的星矢等人和决心与邪恶根源教皇展开决战的沙织向圣域进发。
沙织被托勒密突如其来的一箭射中，必须在十二小时内突破十二宫将教皇带来才能获救。星矢、紫龙、瞬和冰河与黄金圣斗士展开了激战。
激战中，一辉与沙加一起消失了；紫龙与修罗一起在天空中化为了尘埃；冰河与卡妙之战也有了结果。星矢和瞬感觉到身陷危机，但仍然向双鱼宫进发，守护最后一宫的黄金圣斗士阿机上罗狄出现了！