本书重新编列划分为政务、军务、政法、外事、宗教、财贸、农务、文教八类，又在档案末尾附上原属衙门。八个类目是：

政务：此类收档案47件，内容以职官任免、奖励以及地方政务为主。其中收入了这批档案中仅有的四件明档案。

军务：此类76件，内容以海防、战事、地方营伍情形为主，有些是研究第一次鸦片战争的重要史料。

政法：此类收录档案150余件，内容大致可分为鸦片、刑事、辛亥革命三个方面。

外事：凡涉及中外政府之间相互照会、立约、进贡、外籍人员效力等皆归人此类，近200件，是香山清档中价值最高的部分。

宗教：此类69件，所录主要是天主教在中国传播的资料，而其中又以中国政府对传教的管理控制为主，多为地方大员向皇帝奏报办理天主教案情况的折子。

财贸：此类凡200余件，以税务与对外贸易为主。

农务：本类档案数量不很大，近50件，篇幅短小者居多。

文教：此类收入康熙至光绪年间部分小金榜、乡试题名录以及清晚期游美学生名单，总共近60份档案。

序

序

例言

1．政务

1．1兵部尚书赵彦等为推补广州海防参将弹压香山濠镜等处夷船事题行稿天启三年十二月二十二日

1．2兵部为广东巡视海道责任为监督香山等寨及驭澳防倭事行稿天启四年八月十八日

1．3 兵部尚书赵彦等为推补广东香山等地方参将事题行稿天启四年九月二十三日

1．4兵部尚书熊明遇等为澳关宜分里外之界以香山严出人之防事题行稿崇祯四年八月二十四日

1．5广东广州左翼总兵谢希贤奏为保举香山副将事折雍正六年二月二十四日

1．6广东巡抚王安国奏为保举香山令王植、督标中军副将张元佐事折乾隆六年八月初三日

1．7广州将军策楞等奏请移同知驻扎澳门前山寨以重海防折乾隆八年八月初四日

1．8署理两广总督李侍尧奏明保举堪胜总兵事折乾隆二十三年二月初五日

1．9两广总督李侍尧等奏明移驻巡检缘由折乾隆三十四年二月二十一日

1．10两广总督舒常等奏请以香山知县吴光祖升补琼州同知事折乾隆四十九年十二月十八日

1．11 两广总督舒常奏请委署口永福为香山副将事折乾隆五十年三月十六日

1．12两广总督孙士毅奏请以彭翥调补香山令事折乾隆五十一年十一月初二日

1．13大学士庆桂等奏议吴熊光未亲往驱逐英兵照溺职例革职折嘉庆十三年十一月初三日

1．14两广总督吴熊光奏闻奉旨交部议处谢恩并俟永保到任妥办善后片嘉庆十三年十一月十六日

1．15军机大臣董诰等奏闻讯问吴熊光驱退英兵不力各缘由缮录口供呈览片嘉庆十四年四月三十日

1．16附件：吴熊光口供 

1．17两广总督百龄奏覆查明地方官禀报英兵入澳日期及核实应付防守官兵银数折嘉庆十四年五月二十八日

1．18军机大臣等奏报吴熊光所称英兵擅人澳门未即驱逐办理种种不当情形片嘉庆十四年四月三十日

1．19江苏巡抚章煦奏报吴熊光赔缴银二万两已由其子如数缴纳片嘉庆十四年十二月十四日

1．20两广总督革职留任卢坤奏谢圣恩赏还官衔及双眼花翎仍带革职留任等情折道光十四年十月初三日

1．21黎攀缪奏为查办广东地方积弊事折道光十六年十月初三日

1．22邓廷桢奏为惠昌耀胜任总兵事折道光十九年六月二十四日

1．23钦差两江总督林则徐等奏请将高廉道暂驻澳门查办夷务片道光十九年十二月初二日

1．24两广总督林则徐等奏请鼓励筹办夷务出力员弁折道光十九年十二月二十八日

1．25两广总督林则徐等奏请将已革游击马辰等分别开复升补片道光十九年十二月二十八日

1．26琦善请将武职各员暂缓引见缘由折道光二十一年十二月十六日

……

2．军务

3．政法

4．外事

5．宗教

6．财贸

7．农务

8．文教