本书根据文献资料记载，对云南分布的各类微生物资源进行了汇总，包括菌物、细菌和古菌、动物和植物病毒、噬菌体。随着分类方法的改进和新分类概念的引入，微生物分类系统经历了多次变迁，极少部分种的分类地位出现了变动，但为了和原文献保持一致，种名没有更新，可根据最新文献和相关网站确证现在种名。本书记录了真核微生物真菌界、原生动物界、茸鞭生物界共7586种和亚种，原核生物界细菌域和古菌域1469种，植物和动物病毒共374种，噬菌体54种。尽量给每条名录提供拉丁名和对应中文名、基物及生境、文献出处，可供从事相关领域的科研人员参考。
本书可作为中国微生物资源和多样性研究的基础资料，也可作为环境保护、林业、医学等从业人员及高等院校师生的参考书。

真菌界
壶菌门Chytridiomycotaw
球囊菌门Glomeromycota
子囊菌门Ascomycota
盘菌亚门Pezizomycotina
酵母亚门Saccharomycotina
担子菌门Basidiomycota
伞菌亚门Agaricomycotina
柄锈菌亚门Pucciniomycotina
黑粉菌亚门Ustilaginomycotina
虫霉门Entomophthoromycota
毛霉门Mucoromycota
原生动物界
黏菌门Myxomycota
茸鞭生物界
卵菌门Oomycota
根肿菌门Plasmodiophoromycota
原核生物界
古菌域
泉古生菌门Crenarchaeota
广古菌门Euryarchaeota
细菌域
酸杆菌门Acidobacteria
放线菌门Actinobacteria
拟杆菌门Bacteroidetes
巴纽尔斯菌门Balneolaeota
绿弯菌门Chloroflexi
粪热杆菌门Coprothermobacterota
异常球菌-栖热菌门Deinococcus-Thermus
厚壁菌门Firmicutes
芽单胞菌门Gemmatimonadetes
硝化螺旋菌门Nitrospirae
变形杆菌门Proteobacteria
软壁菌门Tenericutes
衣原体门Chlamydiae
动物病毒
沙粒病毒科Arenaviridae
星状病毒科Astroviridae
杆状病毒科Baculoviridae
杯状病毒科Caliciviridae
圆环病毒科Circoviridae
冠状病毒科Coronaviridae
丝状病毒科Filoviridae
黄病毒科Flaviviridae
汉坦病毒科Hantaviridae
嗜肝DNA病毒科Hepadnaviridae
戊型肝炎病毒科Hepeviridae
疱疹病毒科Herpesviridae
正粘病毒科Orthomyxoviridae
副粘病毒科Paramyxoviridae
白纤病毒科Phenuiviridae
小RNA病毒科Picornaviridae
痘病毒科Poxviridae
刺突呼肠孤病毒科Spinareoviridae
光滑呼肠孤病毒科Sedoreoviridae
逆转录病毒科Retroviridae
弹状病毒科Rhabdoviridae
披膜病毒科Togaviridae
植物病毒
甲型线状病毒科Alphaflexivirida
乙型线状病毒科Betaflexiviridae
雀麦花叶病毒科Bromoviridae
花椰菜花叶病毒科Caulimoviridae
长线形病毒科Closteroviridae
双生病毒科Geminiviridae
线粒体病毒科Mitoviridae
矮缩病毒科Nanoviridae
白细病毒科Phenuiviridae
马铃薯Y病毒科Potyviridae
弹状病毒科Rhabdoviridae
伴生豇豆病毒科Secoviridae
光滑呼肠孤病毒科Sedoreoviridae
南方菜豆一品红花叶病毒科Solemoviridae
番茄丛矮病毒科Tombusvirdae
番茄斑萎病毒科Tospoviridae
整体病毒科Totivirida
植物杆状病毒科Virgaviridae
未归科病毒
马铃薯纺锤形块茎类病毒科Pospiviroidae
阿尔法卫星病毒科Alphasatellitidae
病毒卫星RNAVirus satelliteRNA
噬菌体
拉丁名索引