MaxQuant软件是一款相当优秀的实用型蛋白质谱分析工具，MaxQuant绿色版功能强悍，支持用户轻松设置原始数据、组特定参数、全局参数、性能和可视化组态。MaxQuant便捷好用，可以将质谱产生的raw文件转换得到相应的肽段和蛋白情况，从而进行下一步分析研究。
MaxQuant软件功能
用于分析大型质谱数据集的定量蛋白质组学软件包，
用于LC-MS/MS质谱测序数据的标量及非标量蛋白数据库搜索及分析，
针对高分辨率的MS数据，支持多种定量标记技术及非标定量。
支持原始数据、组特定参数、全局参数、性能、可视化、组态
也支持在软件上查看 Six frame translation、氨基酸、UniProt sequence extraction
MaxQuant软件特色
1、MaxQuant软件提供蛋白质分析功能
2、可以将实验参数加载到软件分析
3、可以添加单一的数据参数执行分析
4、也可以通过数据组合的方式完成分析
5、拥有多种组态方案，可以快速建立下一个分析方案
6、支持FTMS M / S匹配容差，支持FTMS去同位素
7、也可以编辑FTMS MS / MS去偏差公差单位
MaxQuant使用方法
1、打开MaxQuant软件，启动以后进入分析界面
2、分析的时候需要将原始数据打开，点击load就可以进入数据查看界面
3、也可以选择特定的生物实验数据组合打开，选择建立多个分析实验组
4、可以在下方设置全局参数，这里有很多可以选择的模式例如 MS/MS-TMS ，MS/MS-Unknown
5、点击 MS/MS- TOF，可以在左边找到很多编辑的项目
6、支持TOF MS / MS去异位耐受性、支持TOF MS / MS去偏差公差单位
7、也可以选择数据可视化，将生物实验的数据显示在图表
8、在工具界面上可以找到氨基酸信息
9、打开以后出现下列数据，可以在这里查看氨基酸的相关数据
MaxQuant更新日志
1、修复上个版本的bug
2、优化部分功能
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