本名录收载了国家药用植物种质资源库种质资源圃，即广西、云南、海南、新疆、湖北、宁夏及北京种质资源圃从建圃至2008年成功保存的药用植物，包括蕨类植物38科122种，裸子植物11科76种，被子植物207科4809种，合计256科，5007种（包括亚种、变种、变型和部分栽培类型）。部分植物的别名和功效尚在进一步查对，暂未列入。本名录科的排序依次按下列系统：蕨类植物按秦仁昌1978年系统；裸子植物按郑万钧1975年系统；被子植物按哈钦松系统（双子叶植物1926年，单子叶植物1934年），种按拉丁字母顺序排列。为便于查阅，书后附有中文名及拉丁名索引。
本名录每种药用植物收录的内容包括：中文名、别名、药用部位、功效与主治、保存地及来源，并对有毒的植物作了文字标明。植物名和学名原则上以《Flora of China》或《中国植物志》为准，其他与药用相关的内容依次参考《中华人民共和国药典》《中华本草》《中药大辞典》等文献。

蕨类植物门 Pteridophyta
石杉科 Huperziaceae
石松科 Lycopodiaceae
卷柏科 Selaginellaceae
木贼科 Equisetaceae
松叶蕨科 Psilotaceae
七指蕨科 Helminthostachvaceae
阴地蕨科 Botrychiaceae
瓶尔小草科 Ophioglossaceae
观音座莲科 Angiopteridaceae
紫萁科 Osmundaceae
瘤足蕨科 Plagiogyriaceae
里白科 Gleicheniaceae
海金沙科 Lygodiaceae
蚌壳蕨科 Dicksoniaceae
桫椤科 Cvatheaceae
碗蕨科 Dennstaedtiaceae
鳞始蕨科 Lindsaeaceae
蕨科 Pteridiaceae
凤尾蕨科 Pteridaceae
中国蕨科 Sinopteridaceae
铁线蕨科 Adiantaceae
水蕨科 Parkeriaceae
书带蕨科 Vittariaceae
蹄盖蕨科 Athvriaceae
金星蕨科 Thelypteridaceae
铁角蕨科 Aspleniaceae
球子蕨科 Onocleaceae
乌毛蕨科 Blechnaceae
鳞毛蕨科 Dryopteridaceae
三叉蕨科 Aspidiaceae
实蕨科 Bolbitidaceae
肾蕨科 Nephrolepidaceae
骨碎补科 Davalliaceae
水龙骨科 Polypodiaceae
槲蕨科 Drynariaceae
剑蕨科 Loxogrammaceae
苹科 Marsileaceae
满江红科 Azollaceae
种子植物门 Spermatophyta
苏铁科 Cycadaceae
银杏科 Ginkgoaceae
松科 Pinaceae
杉科 Taxodiaceae
柏科 Cupressaceae
南洋杉科 Araucariaceae
罗汉松科 Podocarpaceae
三尖杉科 Cephalotaxaceae
红豆杉科 Taxaceae
麻黄科 Ephedraceae
买麻藤科 Gnetaceae
被子植物亚门 Angiospermae
木麻黄科 Casuarinaceae
杨梅科 Myricaceae
胡桃科 Juglandaceae
杨柳科 Salicaceae
桦木科 Betulaceae
壳斗科 Fagaceae
榆科 Ulmaceae
杜仲科 Eucommiaceae
桑科 Moraceae
荨麻科 Urticaceae
山龙眼科 Proteaceae
铁青树科 Olacaceae
山柚子科 Opiliaceae
檀香科 Santalaceae
桑寄生科 Loranthaceae
蓼科 Polygonaceae
商陆科 Phvtolaccaceae
紫茉莉科 Nyctaginaceae
粟米草科 Molluginaceae
番杏科 Aizoaceae
马齿苋科 Portulacaceae
落葵科 Basellaceae
石竹科 Caryophyllaceae
……