内容推荐 本书是“畜禽粪污微生物治理及其资源化利用丛书”的一个分册,主要介绍了发酵床微生物组研究方法、养猪原位发酵床微生物组多样性、养猪饲料发酵床微生物组多样性、发酵床猪肠道与皮毛微生物组多样性、养牛原位发酵床微生物组多样性、养羊原位发酵床微生物组多样性、异位发酵床微生物组多样性等内容。 本书具有较强的系统性和应用性,可供从事畜禽养殖、环境保护、生物农药、生物肥料、微生物菌剂和微生物研究科研人员、技术人员和管理人员参考,也可供高等学校环境科学与工程、生物工程、农业工程、生态工程及相关专业师生参阅。 目录 第一章 绪论 第一节 微生物发酵床畜禽养殖原理 第二节 发酵床微生物群落研究进展 第三节 细菌群落宏基因组研究进展 第四节 真菌群落宏基因组研究进展 第二章 发酵床微生物组研究方法 第一节 概述 一、微生物宏基因组学 二、微生物宏基因组数据分析 三、微生物宏基因组分析方法 第二节 研究方法 一、发酵床垫料样本采集及垫料理化性质测定 二、发酵床垫料的发酵程度等级划分 三、宏基因组高通量测序 四、宏基因组测序数据质控 五、分类操作单元聚类分析 六、分类操作单元抽平处理 七、核心微生物组分析 八、物种分类和丰度分析 九、样本复杂度分析 十、显著性差异分析 第三节 发酵床微生物高通量测序与统计工作流程 一、微生物组高通量测序 二、短序列去杂 第四节 微生物发酵床细菌分类操作单元分析 一、发酵床细菌分类操作单元提取 二、发酵床细菌分类操作单元比对 三、发酵床细菌分类操作单元抽平处理 四、发酵床细菌分类操作单元稀释曲线 五、发酵床细菌分类操作单元群落α-多样性 六、发酵床部分样本微生物物种谱系演化 第五节 微生物发酵床核心微生物组分析 一、发酵床微生物组共有OTU数与覆盖样本数关系 二、微生物发酵床冬季和春季共有和特有微生物组OTU数分析 三、发酵床微生物组OTU丰度主成分分析 四、发酵床微生物组OTU秩-多度曲线 五、发酵床微生物组OTU物种累积曲线 六、发酵床微生物组OTU分类阶元数量分布 七、发酵床微生物组OTU丰度柱状图分析 八、发酵床冬季和春季微生物组OTU丰度柱状图分析 九、发酵床微生物组OTU物种热图分析 十、发酵床微生物组OTU物种星图分析 第六节 发酵床微生物组OTUα-多样性种类复杂度分析 一、发酵床单个样本微生物组OTU种类复杂度分析 二、发酵床冬季和春季微生物组OTU箱线图分析 三、发酵床微生物组OTUα-多样性指数秩和检验 第七节 发酵床微生物组OTUβ-多样性种类复杂度分析 一、发酵床样本间微生物组OTUUniFrac距离 二、发酵床样本间微生物组OTUUniFrac距离聚类分析 三、发酵床样本间微生物组OTU主坐标分析 第八节 发酵床微生物组OTU差异性分析 一、发酵床微生物组OTU差异效应判别分析 二、发酵床不同分类阶元微生物组OTU差异分析 三、发酵床属分类阶元微生物组OTU差异分析 四、发酵床冬季和春季微生物组OTU主成分分析 第九节 发酵床微生物组OTU种类冗余分析 一、梯度分析 二、冗余分析结果 第十节 讨论 一、我国畜禽粪便是农业面源污染的主要来源 二、微生物宏基因已广泛地应用在微生物生态学的研究上 三、养猪发酵床微生物宏基因组分析的一个重要问题 四、发酵床微生物组OTUα-多样性种类复杂度分析 第三章 养猪原位发酵床微生物组多样性 第四章 养猪饲料发酵床微生物组多样性 第五章 发酵床猪肠道与皮毛微生物组多样性 第六章 养牛原位发酵床微生物组多样性 第七章 养羊原位发酵床微生物组多样性 第八章 异位发酵床微生物组多样性 参考文献 |