本书精心安排了9章内容：第1章为R语言概述和本书约定的表述方法介绍。第2章以非常低的门槛介绍R语言的基本操作，既是基础知识，也是快速入门。第3～4章详细介绍了R语言的数据类型和数据管理方法；由于R语言数据类型和相关处理方法非常多，本书仅选取了生命科学中常处理的数据类型进行介绍，相关函数也经过了精心挑选。文本挖掘在生命科学领域具有相当重要的地位，如基因本体、途径以及文献分析等，而这部分内容也相对难以掌握，因此我们将“文本操作”独立成章专门介绍。第5～6章是R语言的优势应用，即绘图和统计，由于这方面的内容非常烦杂，不可能包罗万象地讲解，我们建议以讲授基本方法为主。第7～8章讲授R函数的自定义方法以及R扩展包的编写。与使用其他语言的编写大型应用相比，R扩展包的编写非常简单，也非常实用，应该纳入教学计划中。第9章简要介绍了生命科学的主要R项目Bioconductor，以方便学生日后自学和应用。

第1章 R语言概述
1 什么是R语言
2 R语言的特点
3 R语言在生命科学中的应用
第2章 程序安装与基本操作
1 基本程序的安装与运行
2 R集成开发环境(IDE)
3 基本概念和语法
4 如何获取帮助
5 扩展／应用软件包的安装
第3章 R语言数据管理
1 数据及其属性
2 常用数据类型
3 数据检查
4 数据筛选
5 数据文件存取
6 文件的基本操作
第4章 函数编程
1 程序流的控制
2 函数的定义和使用
3 函数的属性
4 函数的参数
5 函数的返回值
6 R语言的环境
7 R语言代码规范
第5章 文本数据的处理
1 引言
2 字符型向量
3 正则表达式
4 基本文本操作
第6章 数据可视化
1 前言
2 R语言绘图原理和方法
3 图形种类与高阶绘图函数
4 图形元素的添加
5 图形修饰和布局
6 lattice绘图系统简介
7 ggplot2绘图系统简介
第7章 统计基础
1 引言
2 描述性统计
3 相关与回归
4 假设检验
第8章 面向对象的程序设计
1 引言
2 S3
3 S4
第9章 BioConductor简介
1 BioC的发展
2 BioC网站及其资源
3 BioC软件包类型
4 BioC及其软件包的安装
5 BioC分析流程
参考文献