本书作为“千种药用植物基因组研究计划”的研究成果之一，关注的是药用植物叶绿体基因组的结构解析、特征描述和功能阐释。全书分为总论、各论和附录3部分：总论（章至第三章）介绍药用植物叶绿体的功能结构特征、相关研究进展，以及叶绿体基因组在药用植物系统发育、物种驯化、物种鉴定与基因工程等领域的应用。各论对53种药用植物及其叶绿体基因组图谱进行了详细描述，内容包括药用植物基本信息、主要品种及分布；叶绿体基因组基本信息、编码基因、重复序列、微卫星重复序列、多态性、高可变区、进化树、分子标记。附录对书中相关术语进行了注释，列出了本书物种的索引。本书是药用植物基因组学领域首部系统性研究专著，为全面阐释药用植物的遗传密码奠定了基础。

上篇 总论
章 绪论
节 叶绿体及其基因组
第二节 叶绿体基因组图谱及应用
第二章 叶绿体基因组图谱的构建原理与方法
节 标本采集及DNA提取
第二节 第二代测序文库的构建与测序
第三节 叶绿体基因组的组装
第四节 叶绿体基因组注释
第五节 重复序列的类型及其发现
第六节 宏DNA条形码
第三章 叶绿体基因组常用生物信息分析软件
节 叶绿体基因组组装软件
第二节 叶绿体基因组注释软件
第三节 叶绿体基因组分析软件
下篇 各论
1 川贝母
2 大麦
3 北马兜铃
4 蒜
5 丹参
6 巴戟天
7 白及
8 白木通
9 艾
10 白头翁
11 吊石苣苔
12 杭白芷
13 白茅
14 石斛
15 红花
16 地黄
17 杜仲
18 川赤芍
19 赤豆
20 土沉香
21 连翘
22 花椒
23 卷丹
24 细辛
25 金毛狗
26 垂盆草
27 金荞麦
28 金钱松
29 黄花蒿
30 茶
31 北乌头
32 华中五味子
33 穿心莲
34 厚朴
35 荔枝
36 茴香
37 独蒜兰
38 莲
39 粗茎秦艽
40 海金沙
41 胡桃
42 黄连
43 黄芩
44 黄精
45 黄檗
46 构树
47 蓖麻
48 榧树
49 辣椒
50 稻
51 鳢肠
52 柑橘
53 藁本
附录