《中医药的故事》共分为七个章节。
章“人物篇”分为“远古的传说”和“历代名医的故事”。“远古的传说”向大家介绍了“神农尝百草辨药性”“伏羲创制九针”“黄帝岐伯论医药”“伊尹制汤液”等；“历代名医的故事”则介绍了扁鹊、华佗等名医的故事，杏林、橘井的传说，以及“坐堂”“饺子”的来历等。
第二章“名篇名著篇”，介绍了《大医精诚》《伤寒论·序》等中医药名篇，同时以故事的形式对历代医家的医德进行了展示。
第三章“中医药经典术语篇”对“天人相应，天人合一”“整体观”“阴阳互根”“通则不痛，痛则不通”“上工治未病”“中医的标与本”“君臣佐使”等中医药术语进行了解释。
第四章“中草药命名篇”介绍了“中医方剂的命名原则”“中药命名的有趣现象”“中草药的传说”“方书名的来历”等。
第五章“诗词文化篇”介绍了诗词、成语、书信、对联、谜语、谚语、俗语、歇后语及顺口溜中的中医药知识。
第六章“针灸穴位篇”主要介绍了耳穴和足穴。
第七章“情志篇”介绍了情志与疾病的关系。
《中医药的故事》以故事形式，同时利用人们喜闻乐见的传说、成语、俗语、谚语、歇后语、对联、谜语及妙趣横生的中药书信等，向小朋友们介绍、解释了中医药的一些典故、名词、术语及中草药名字的来历，同时还涉及历代医家的医德观，能使小学生及家长朋友们从故事中学习中医药文化，在阅读中培养中医思维。趣味性中含知识性，真正做到了寓教于乐，当能掀起一股“中医热”。

章 人物篇
节 远古的传说
1.神农的传说
神农尝百草辨药性
2.伏羲的传说
伏羲创制九针
3.黄帝的传说
黄帝岐伯论医药
4.伊尹的传说
伊尹制汤液
第二节 历代名医的故事
1.扁鹊的故事
扁鹊切脉救赵简子
2.华佗的故事
创制世界上最早的麻醉药——“麻沸散”
创制养生保健操——“五禽戏”
华佗为关羽“刮骨疗毒”
华佗无奈火烧《青囊书》
3.董奉酌故事
千载杏林源董奉
4.苏耽的故事
橘井泉香起苏耽
5.张仲景酌故事
张仲景坐堂看病
饺子的由来
张仲景断言王粲有病
张仲景治穷病
6.孙思邈的故事
孙思邈用葱管导尿
孙思邈“引线诊脉”
孙思邈给唐太宗治心病
7.皇甫谧的故事
皇甫谧浪子回头成名医
8.李时珍的故事
李时珍重编本草
9.王惟一的故事
王惟一创制针灸铜人
10.钱乙的故事
六味地黄丸——钱乙献给小朋友们的爱
11.叶天士的故事
改名换姓学针术
叶天士赛过叶天士
不摆架子赞同行
12.悬壶济世的传说
费长房遇壶翁
第二章 名篇名著篇
第三章 中医药经典术语篇
第四章 中草药命名篇
第五章 诗词文化篇
第六章 针灸穴位篇
第七章 情志篇
跋