第1部分DNA、RNA和蛋白质序列的分析
第1章引言［2］
1.1本书的组织架构［3］
1.2生物信息学：全景［4］
1.3各章节的组织架构［6］
1.4对学生和教师的建议：练习，寻找一个基因，研究一个基因组［7］
1.5生物信息学软件：两种风格［8］
1.6生物信息学和其他信息学学科［11］
1.7对学生的建议［11］
第2章序列数据的获取和相关信息［14］
2.1生物数据库的入门介绍［14］
2.2集中存储DNA序列的数据库［15］
2.3DNA、RNA和蛋白质数据库［19］
2.4信息的获取：用于标记和鉴别序列的索引编号［27］
2.5利用NCBI的基因资源进行基因信息的获取［31］
2.6使用命令行进行NCBI数据的获取［35］
2.7信息的获取：基因组浏览器［41］
2.8如何获取序列数据的例子：单个基因/蛋白质［44］
2.9生物医学文献的获取［50］
2.10展望［51］
2.11常见问题［51］
2.12给学生的建议［51］
2.13网络资源［51］
第3章双序列比对［58］
3.1引言［58］
3.2打分矩阵［66］
3.3在双序列比对中，PAM矩阵的实用性［76］
3.4比对算法：全局和局部［79］
3.5双序列比对的统计显著性［88］
3.6展望［91］
3.7常见问题［91］
3.8给学生的建议［92］
3.9网络资源［92］
第4章局部比对搜索基本工具BLAST［100］
4.1引言［100］
4.2BLAST搜索步骤［102］
4.3BLAST算法使用局部比对搜索的策略［114］
4.4BLAST的搜索策略［119］
4.5使用BLAST预测基因：找到新基因［128］
4.6展望［131］
4.7常见问题［131］
4.8对学生的建议［131］
4.9网络资源［132］
第5章高级数据库搜索［137］
5.1引言［137］
5.2特殊BLAST的网站［138］
5.3寻找远缘相关蛋白质：位置特异性迭代BLAST（PSI-BLAST）和DELTA-BLAST［141］
5.4谱搜索：隐马尔可夫模型［148］
5.5用类似于BLAST的比对工具快速搜索基因组DNA［154］
5.6将二代测序读段与参考基因组比对［159］
5.7展望［161］
5.8常见问题［162］
5.9给学生的建议［162］
5.10网络资源［162］
第6章多重序列比对［168］
6.1引言［168］
6.2五种主要的多重序列比对方法［170］
6.3用标准数据集进行研究：方法，发现和挑战［181］
6.4多重序列比对的数据库［182］
6.5基因组区域的多重序列比对［186］
6.6展望［192］
6.7常见问题［193］
6.8给学生的建议［193］
第7章分子水平的系统发育和进化［200］
7.1分子进化介绍［200］
7.2分子系统发育与进化的法则［201］
7.3分子系统发育：树的特征［211］
7.4树的类型［217］
7.5系统发育分析的五个步骤［221］
7.6展望［240］
7.7常见问题［241］
7.8给学生的建议［241］
7.9网络资源［241］
第2部分DNA、RNA和蛋白质在全基因组层次上的分析
第8章DNA：真核染色体［250］
8.1引言［250］
8.2真核生物基因组和染色体的一般特征［252］
8.3真核生物染色体的DNA重复片段［263］
8.4真核生物染色体的基因含量［273］
8.5真核生物基因组的调控区域［279］
8.6真核生物DNA的比较［283］
8.7染色体DNA的变化［284］
8.8测定染色体变化的技术［290］
8.9展望［292］
8.10常见问题［293］
8.11给学生的建议［293］
8.12网络资源［293］
第9章二代测序数据的分析［310］
9.1引言［310］
9.2DNA测序技术［311］
9.3二代测序的基因组DNA的分析［318］
9.4二代测序的特定应用［347］
9.5展望［348］
9.6常见问题［348］
9.7给学生的建议［349］
9.8网络资源［349］
第10章处理核糖核酸（RNA）的生物信息学工具［356］
10.1引言［356］
10.2非编码RNA［358］
10.3信使RNA介绍［370］
10.4微阵列和RNA-seq：全基因组层面的基因表达量测定［379］
10.5RNA分析的解读［384］
10.6展望［386］
10.7常见问题［386］
10.8给学生的建议［387］
10.9网络资源［387］
第11章基因表达：芯片和RNA-seq数据分析［395］
11.1引言［395］
11.2芯片分析方法1：NCBI的GEO2R工具［397］
11.3芯片分析方法2：Partek软件［409］
11.4芯片分析方法3：利用R分析GEO数据库［417］
11.5芯片数据分析：描述性统计学方法［423］
11.6RNA-seq［430］
11.7芯片数据的功能注释［438］
11.8展望［438］
11.9常见问题［439］
11.10对学生的建议［440］
11.11推荐读物［443］
第12章蛋白质分析和蛋白质组学［447］
12.1引言［447］
12.2蛋白质鉴定技术［450］
12.3蛋白质的四个方面［457］
12.4展望［476］
12.5常见问题［477］
12.6给学生的建议［477］
12.7网络资源［477］
第13章蛋白质结构［488］
13.1蛋白质结构总结［488］
13.2蛋白质结构原理［490］
13.3PDB数据库（Protein Data Bank）［500］
13.4蛋白质结构预测［513］
13.5固有无序蛋白质（INTRINSICALLY DISORDERED PROTEINS）［518］
13.6蛋白质结构与疾病［518］
13.7展望［519］
13.8常见问题［520］
13.9给学生的建议［520］
13.10推荐读物［523］
第14章功能基因组学［529］
14.1功能基因组学介绍［

本书为原著第三版，内容新颖，具有以下主要特色：
（1）内容全面，很好地将生物信息学与功能基因组学的理论和实践应用结合起来，非常重视生物信息学的具体应用技巧。
（2）内容新颖，包含了二代测序的最新进展。
（3）实用性强，包含了一些工具使用指导、R语言及命令行操作等。并且每一章都有问题集、与生物信息学有关的web操作训练以及相应的web链接，还列出了可以免费获取的生物信息学软件和作者推荐的读物。
（4）作者权威，为霍普金斯医学院教授，在国际上有很高的声誉和权威性。
（5）图文并茂。本书在论述的同时配以大量的图片，直观、形象、通俗易懂。