本书很好地整合了微生物功能基因组学的知识要点，如基因组学概述、如何利用基因组数据、基因功能预测的技术方法、DNA微阵列技术及其在基因表达数据分析等。同时，随着现代生物技术的完善和渗透，极大地推动了病原生物研究及其相应临床工作的开展，并由此产生了许多新的诊断治疗病原疾病的理论和技术。本书介绍了一些有关病原细菌研究的新进展，以提供人类抗击病原细菌危害的新技术、新方法和新手段。我们殷切希望本书有助于病原细菌学的研究，可以作为从事细菌学和其相关领域研究的研究人员、技术人员以及生物学和医学专业本科生或研究生的参考用书。

林金水，1983年6月出生，福建省漳浦县人，中共党员。2007年获华南农业大学农学专业学士学位，2010年获华南农业大学生物化学与分子生物学专业硕士学位，2016年获西北农林科技大学微生物学专业博士学位。2016年入职并担任延安大学生命科学学院微生物教研室主任、硕士研究生导师。主要从事病原细菌致病与耐药机制以及新型抗茵药物的筛选等领域的研究工作，目前主持或参与国家级科研项目4项，省部级项目1项，厅级项目1项．校级项目2项，发表SCI论文10余篇，其中以第一作者或通讯作者在《NatureCommunications》，《Antimicrobial Agentsand Chemotherapy》，《Frontiers in Cellularand Infection Microbiology》 和《Frontiersin Microbiology》等国际著名学术期刊发表SCI论文5篇(包括1篇特邀综述和1篇ESI前1％高被引论文)，单篇最高影响因子12．353，申请国家发明专利3件(已授权1件)和实用新型专利8件，出版学术著作和教材各1部。受邀担任SCI期刊Frontiers in cellular and infectionmicrobiology评审编辑(Review Editor)。2017年入选陕西省普通高校首批“青年杰出人才”。

第1章 基因组学概述
1.1 基因组学的定义和分类
1.2 基因组学的历史回顾和挑战
1.3 基因组学的研究范围和方法
1.4 微生物功能基因组学的重要性
第2章 基因功能预测的计算方法
2.1 基因功能推断的方法
2.2 从基因序列到功能
2.3 以结构为基础的功能预测
2.4 在系统水平上的功能推断
2.5 非同源的方法进行功能推断
第3章 微阵列基因表达谱数据分析
3.1 微阵列基因表达数据的归一化
3.2 微阵列基因表达谱结果分析
3.3 共表达基因的识别
3.4 差异表达基因的识别
3.5 基因表达数据分析在途径推理中的应用
第4章 病原细菌的生物危害及其耐药性
4.1 病原细菌与细菌性疾病
4.2 病原细菌的生物危害及防护对策
4.3 细菌的分泌系统
4.4 病原细菌的耐药性
4.5 抗菌药物的分类及作用机制
第5章 研究细菌致病机制的动物模型
5.1 哺乳动物感染模型
5.2 非哺乳类脊椎动物感染模型：斑马鱼
5.3 无脊椎动物感染模型：秀丽隐杆线虫和其他线虫
5.4 昆虫感染模型
5.5 植物感染模型
5.6 细胞感染模型
第6章 病原细菌致病基因组研究策略
6.1 病原细菌基因组研究进展
6.2 病原细菌比较基因组学研究策略
6.3 功能基因组学研究策略／104
6.4 细菌致病有关的基因决定簇
第7章 研究病原细菌基因功能的新方法
7.1 体内表达技术及其应用
7.2 重组工程及其在细菌遗传学中的应用
7.3 蛋白质组学在研究病原微生物基因功能中的应用
第8章 细菌入侵细胞的主要机制
8.1 细菌进入宿主细胞的机制
8.2 细菌在细胞质中的作用机制
8.3 细菌在囊泡中的作用机制
第9章 细菌对宿主防御系统的免疫逃避机制
9.1 细菌对宿主营养物质的利用：以铜绿假单胞菌的研究为例
9.2 细菌逃避补体系统
9.3 细菌对抗菌肽的抗性
9.4 细菌诱导宿主细胞死亡
参考文献