第1章 引言
1.1 石斑鱼及其养殖概况
1.2 石斑鱼主要疾病与防治方法
1.2.1 石斑鱼的主要疾病
1.2.2 石斑鱼疾病的主要防治方法
1.3 鱼类免疫增强剂及其研究应用概况
1.3.1 中草药免疫增强剂
1.3.1.1 鱼类中草药免疫增强剂的主要类型
1.3.1.2 鱼类中草药免疫增强剂研究与应用的主要优势
1.3.1.3 鱼类中草药免疫增强剂研究与应用存在的主要缺陷
1.3.2 微生物来源免疫增强剂
1.3.3 其他类型的免疫增强剂
1.4 鸡血藤、墨旱莲、黄柏3种中草药的研究与应用概况
1.4.1 鸡血藤及其研究应用概况
1.4.2 墨旱莲及其研究应用概况
1.4.3 黄柏及其研究应用概况
1.5 转录组及其研究方法
1.5.1 转录组与高通量测序技术简介
1.5.1.1 转录组
1.5.1.2 高通量测序技术
1.5.1.3 高通量测序技术在转录组de novo测序、表达谱测序中的应用
1.5.2 鱼类转录组研究进展
1.6 几个重要的免疫相关通路与基因
1.6.1 Fc gamma R介导的细胞吞噬通路与IgG基因
1.6.2 IgG-CD45-Src Myosin信号传导途径
1.6.3 MAPK通路、IgG-BCR通路与TLR5基因
1.6.3.1 MAPK通路
1.6.3.2 IgG-BCR
1.6.3.3 TLR5
1.6.4 JAK-STAT通路与SOCS1、PIM1基因
1.6.5 COX-2基因
1.7 目的意义
第2章 3种中草药对棕点石斑鱼生长、非特异性免疫及抗病力的影响
2.1 材料与方法
2.1.1 实验材料及其前期处理
2.1.2 实验设计
2.1.3 生长性能、肝体比和脾体比的测定
2.1.4 头肾巨噬细胞呼吸暴发的测定
2.1.4.1 巨噬细胞的制备
2.1.4.2 巨噬细胞呼吸暴发的检测
2.1.5 血清非特异性免疫指标的测定
2.1.6 免疫保护效果检测
2.1.7 数据处理与统计分析
2.2 结果与分析
2.2.1 3种中草药对棕点石斑鱼生长、肝体比和脾体比的影响
2.2.2 3种中草药对棕点石斑鱼头肾吞噬细胞呼吸暴发活性的影响
2.2.3 3种中草药对棕点石斑鱼血清非特异性免疫指标的影响
2.2.3.1 超氧化物歧化酶SOD
2.2.3.2 总补体CH50
2.2.3.3 过氧化氢酶CAT
2.2.3.4 碱性磷酸酶AKP
2.2.4 3种中草药对棕点石斑鱼抗病力的影响
2.3 讨论
2.3.1 3种中草药对棕点石斑鱼生长及肝体比、脾体比的影响
2.3.2 3种中草药对棕点石斑鱼非特异性免疫指标的影响
2.3.2.1 吞噬细胞的呼吸暴发活性
2.3.2.2 碱性磷酸酶
2.3.2.3 总补体
2.3.2.4 超氧化物歧化酶与过氧化物酶
第3章 3种中草药作用下棕点石斑鱼头肾转录组测序与分析
3.1 材料与方法
3.1.1 实验材料
3.1.2 实验设计
3.1.3 棕点石斑鱼头肾样品采集
3.1.4 棕点石斑鱼头肾总RNA提取
3.1.4.1 实验准备
3.1.4.2 RNA的提取
3.1.5 棕点石斑鱼头肾总RNA样本的质量检测
3.1.5.1 RNA琼脂糖凝胶电泳
3.1.5.2 Agilent Technologies 2100 Bioanalyzer检测
3.1.6 RNA样本池的混合与定义
3.1.7 棕点石斑鱼头肾转录组de novo测序
3.2 结果与分析
3.2.1 棕点石斑鱼头肾总RNA提取质量检测
3.2.1.1 琼脂糖凝胶电泳结果
3.2.1.2 Agilent 2100 Bioanalyzer检测结果
3.2.2 转录组测序结果
3.2.2.1 转录组测序数据产量与质量统计
3.2.2.2 测序数据组装结果分析
3.2.2.3 Unigene功能注释结果
3.3 讨论
3.3.1 转录组测序数量、质量与Unigene长度分布
3.3.2 NR注释比例与同源性物种分布
第4章 3种中草药作用下的棕点石斑鱼头肾数字基因表达谱测序与解析
4.1 材料与方法
4.1.1 实验材料
4.1.2 实验设计
4.1.3 棕点石斑鱼头肾样品采集
4.1.4 棕点石斑鱼头肾总RNA提取
4.1.5 棕点石斑鱼头肾总RNA样本的质量检测
4.1.6 RNA样本池的混合与定义
4.1.7 饲喂不同中草药的棕点石斑鱼头肾表达谱测序分析
4.1.7.1 表达谱cDNA文库的构建及测序
4.1.7.2 表达谱测序的数据分析流程
4.1.7.3 表达谱测序数据的过滤
4.1.7.4 测序评估
4.1.7.5 Unigene表达定量
4.1.7.6 差异表达基因筛选
4.1.7.7 差异基因表达模式聚类分析
4.1.7.8 差异表达基因的GO功能显著性富集分析与GO功能分类
4.1.7.9 差异表达基因的KEGG Pathway显著性富集分析
4.1.8 基因表达谱的荧光定量PCR(RT-PCR)验证
4.1.8.1 棕点石斑鱼头肾总RNA的提取
4.1.8.2 棕点石斑鱼头肾总RNA反转录反应
4.1.8.3 用于验证表达谱数据准确性的基因及弓l物序列设计
4.1.8.4 荧光定量PCR验证方法
4.2 结果与分析
4.2.1 RNA提取质量分析结果

本书研究了鸡血藤、黄柏、墨旱莲三种中草药对棕点石斑鱼生长、非特异性免疫机能及抗病力的影响，并利用转录组测序技术、数字基因表达谱技术进行分析与解析。本书的研究结果不仅有助于筛选确定合适的棕点石斑鱼中草药免疫增强剂，也为系统揭示中草药免疫增强剂对棕点石斑鱼的免疫调控机制奠定了基础。书稿内容丰富，数据和解释充分，逻辑性较好，语言比较准确流畅。