《超级小英雄3》中包含以下三个故事：
漩涡怪兽
小伴龙、酷鲁鲁和唐小丫一同乘船出海游玩。他们玩儿得正起劲，突然看到前面的海面上有一个特别大的漩涡。酷鲁鲁怀疑是漩涡怪兽搞的鬼，所以，大家决定上前去一探究竟。果然，漩涡怪兽从海浪里猛得一下窜了出来……
遁地怪兽
这天，蛋蛋街上突然出现了好多地洞，很多蛋蛋都掉进了这些地洞里。小伴龙和伙伴们来到蛋蛋街想看看怎么回事，却发现了一只正在孵化的蛋蛋！只听噼噼啪啪一阵响，一个怪兽小宝宝从蛋壳里钻了出来……
星光怪兽
酷鲁鲁、小伴龙和唐小丫追踪着星光怪兽来到了地心王国。可是一进地心王国，他们就都傻了眼——地心王国里黑洞洞的，一丝光亮都没有了！正在大家一筹莫展的时候，酷鲁鲁发现了前面的星光怪兽……

漩涡怪兽
遁地怪兽
星光怪兽