本书正文分三篇：上篇“本草概要”，中篇“本草要籍”，下篇“本草大系”。上篇据本草发展特点划分历史阶段，讨论本草发展历史。中篇重点介绍清代以前（含清代）的主要本草著作77种（另附述14种），并按时代先后编列。下篇广罗1911年以前出现的本草文献有关资料。现存本草著作均有简介。各本草著作以成书先后为序编列。本书所涉的主要本草书名及其作者名均可在书后作者索引、书名索引中查得。

上篇 本草概要
第一章 历代本草分期概说
第二章 酝酿葫芽期
一、“药”字与药物
二、医书中的药学内容
三、最初的药学著作
第三章 草创雏形期
一、“本草”一词的出现
二、本草主流
三、本草旁支
第四章 搜辑充实期
一、本草主流
二、本草旁支
第五章 校刊汇纂期
一、北宋的药典性本草
二、南宋的临床节要本草
三、本草旁支
第六章 药理研宄期
一、药理探讨新潮流
二、本草旁支
第七章 整理集成期
一、南宋、金、元不同风格的本草交融
二、风靡明代的药性歌括
三、明代后期各具特色的本草著作
四、专题本草举要
第八章 整理普及朝
一、明代本草的后续性著作
二、对《神农本草经》等古本草的研究
三、《神农本草经》等古本草的辑佚
四、歌括便读等普及性本草
五、各专题本草
六、西方药学文献的传入及其影响
第九章 近现代中药文献述要
一、近代中药文献
二、现代中药文献
中篇 本草要籍
第一章 南北朝以前
一、《神农本草经》
二、《桐君采药录》
三、《雷公药对》
附：徐之才《药对》
四、《李当之本草》《李当之药录》
五、《吴普本草》
六、《名医别录》
七、《本草经集注》
附：《药总诀》
八、《雷公炮炙论》
第二章 隋唐五代
一、《药性论》
二、《新修本草》
附：《药图》(即唐本《药图》)
附：《本草图经》(即唐本《图经》)
三、《食疗本草》
四、《本草拾遗》
五、《海药本草》
附：《南海药谱》
六、《食性本草》
七、《蜀本草》
八、《日华子本草》
第三章 宋代
一、《开宝本草》
二、《嘉祜本草》
三、《本草图经》
四、《重广补注神农本草并图经》
五、《证类本草》
附：《大观本草》
附：《政和本草》
附：《绍兴本草》
附：《新编类要图注本草》
六、《本草衍义》
七、《履□（特殊字符）岩本草》
八、《纂类本草》
九、《宝庆本草折衷》
第四章 金元时期
一、《珍珠囊》
附：《洁古珍珠囊》
二、《药类法象》《用药心法》
三、《汤液本草》
四、《饮膳正要》
五、《本草衍义补遗》
第五章 明代
一、《救荒本草》
二、《滇南本草》
三、《本草集要》
四、《本草品汇精要》
五、《本草蒙筌》
六、《本草约言》
附：《药性本草》
附：《食物本草》
七、《太乙仙制本草药性大全》
八、《本草纲目》
九、《本草真诠》
十、《本草原始》
十一、《炮炙大法》
十二、《神农本草经疏》
十三、《本草正》
十四、《本草汇言》
十五、《食物本草》
十六、《药品化义》
十七、《本草通玄》
附：《药性解》
附：《本草征要》
十八、《本草乘雅半偈》
第六章 清代
一、《本草洞诠》
二、《本草崇原》
三、《本草述》
附：《本草述钩元》
四、《本草汇》
五、《握灵本草》
六、《药性纂要》
七、《本草备要》
八、《本经逢原》
九、《药性通考》
十、《本草经解要》
十一、《神农本草经百种录》
十二、《长沙药解》
附：《玉楸药解》
十三、《本草从新》
十四、《得配本草》
十五、《本草求真》
十六、《脉药联珠药性考》
附：《脉药联珠食物考》
十七、《本草纲目拾遗》
十八、《本草经读》
十九、《调疾饮食辩》
二十、《本经疏证》
二十一、《本草分经》
二十二、《植物名实图考》
附：《植物名实图考长编》
二十三、《本草问答》
二十四、《本草崇原集说》
二十五、《本草思辨录》
下篇 本草大系
第一章 南北朝以前
第二章 隋唐互代
第三章 宋代
第四章 金元时期
第五章 明代
第六章 清代
书名索引
作者索引