诞生于船工之家
明治维新让日本摆脱了被黑暗封锁的封建割据状态，一跃成为向世界开放的国家。走向开放的日本人，愈加意识到眼界的狭隘，试图努力引进西欧的先进文明，“脱亚入欧”。变革的过程虽不是一帆风顺，但日本迎来了一个崭新的时代。
牧口常三郎就诞生于这个脱胎换骨的时代。不过，他的诞生地却是面朝日本海的一个与现代化无缘的偏僻渔村。
1871年（明治四年）6月6日，居住在柏崎县刈羽郡荒浜村（今新泻县柏崎市荒浜）的船员渡边长松的妻子伊莱，生下了一个男孩，他们给他起名叫渡边长七。
当时的荒浜村，是刈羽郡约200个村庄中最大的村子之一。据1912年（大正元年）编纂的《荒浜村志》记载，1871年（明治四年），荒浜村共有461户人家，2263人。村庄自然景观优美，缓缓落入地平线的夕阳，每每把广阔的日本海染成一片赤红，庄严而神秘。
与海滩美景相反，荒浜村人居环境恶劣，难于生存。这里风沙肆虐，就算在元月，沙子也经常埋到脚脖。从每年9月到次年3月末，每天沙尘漫天，吹散的沙子随风到处乱飞，沉积下来像隆起的土冢。随风舞动的白草，与荒漠中的枯草并无差异。
日后，牧口常三郎在处女作《人生地理学》第十三章《海岸与人生》中，曾这样描述自己幼年成长的冢乡：
构成沙滩的细沙，伴随着暴风四处飞舞，由沙子堆积形成的小丘到处移动，而
且妨碍植物生长，除了抗风害能力强大的松柏一类的几个物种外，大部分植物都难
于成长。田地荒芜无法耕种，风沙危害生产，掩埋房屋，像恶作剧似的使居民陷入
困窘。
恶劣的环境，自然不适合农业。除了适合沙地种植的甘薯外，难以期待收获其他衣作物。荒浜村的人们仅能依靠渔业和漕运为生。所谓漕运，就是用船运输海产品的行业，当时主要进行物物交换。
渡边长七3岁时，父亲渡边长松前往北海道打工。对穷苦得只能靠海谋生的荒浜人来说，外出打工并不稀奇。然而，渡边长松到达北海道之后音信全无，被撇在家的妻子伊莱和儿子渡边长七生活艰辛。两三年后，伊莱无奈改嫁给本村的柴野右卫门。1877年（明治十年）5月9日，6岁的渡边长七被村长牧口善太夫收养，从养父姓，改姓牧口。夫妇二人视养子长七为己出，疼爱有加。
与孩子分开的伊莱因思念被带走的儿子，以泪度日。村人同情她，经常偷偷把长七带出来，让她和孩子在一个叫上野堂的佛堂里见面。一天，心存焦虑的母亲抱着孩子跳水自杀。虽然被村里人发现保住了性命，但这竟成了母子二人的最后一次相见。
长七听话、机灵，而且很有孝心，不仅在牧口家非常乖顺，还经常照顾年迈的爷爷（爷爷件在原来的家里，离养父家很近）。
入读荒浜寻常小学
1871（明治四年）年7月，即长七出生的那一年，日本政府设置文部省作为全国的教育行政机关，专门负责全国的教育改革工作。次年8月，教改的第一个法令——《学制》正式颁布。在此之前，日本并没有公办的小学，民间教育机构只有寺子屋和私塾。虽然新教育体制提倡达到“邑无不学之户，家无不学之人”的目标，但对于贫困的村民，他们只期望孩子能成为家里家外的劳动力。适龄儿童或在家照看弟妹、编织草鞋、搓捻绳索，或外出刈草牧牛喂马，有的甚至上山去劳作。加之国力所限，实施义务教育初期的教育费用多由人民负担等客观原因，日本当时小学的就学率不到50％。即使能够入学，绝大多数儿童只在学校读了一年或者一年半便中途退学。
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