孙孝忠主编的《本草纲目名方精选》精选了《本草纲目》中有效、实用、简便、价廉、无毒的附方3000余首。按照目前大学本科教材通行的分类法重新编排，分为内、外、妇、儿、五官科五大类。对原书中的古剂量。都一一换算注明现代通行的剂量：对古奥难解的字词，直接更换为易懂之词，必要之处加以注释。本书供临床医生和广大中医爱好者参考使用。为便于读者进一步深入研究，附方后都注明《本草纲目》原引书的出处。

第一部分 内科

 第一章 肺系病证

一、感冒

二、咳嗽

三、哮病

四、喘证

五、肺痿

六、肺痈

七、肺痨

 第二章 心系病证

一、心悸

二、不寐

三、胸痹

四、癫狂

五、痫证

六、厥证

 第三章 脾胃系病证

一、胃痛（附：吐酸）

二、呕吐

三、噎膈（附：反胃）

四、呃逆

五、腹痛

六、泄泻

七、痢疾

八、便秘

九、健脾开胃方

 第四章 肝胆系病证

一、胁痛

二、黄疸

三、积聚

四、鼓胀

五、头痛

六、眩晕

七、中风

八、瘿病

 第五章 肾系病证

一、水肿

二、淋证（附：尿浊、尿频）

三、癃闭

四、阳瘘（附：阳强、阴冷）

五、遗精

六、遗尿

 第六章 气血津液病证

一、吐血、咳血、咯血、唾血

二、便血

三、尿血

四、消渴

五、汗证

六、内伤发热

七、虚劳（附：阳强、阴冷）

 第七章 肢体经络病证

一、痹证

二、腰痛

 第八章 内科杂病

一、中毒

二、酒疾

三、虫疫

第二部分 外科

 第一章 疮疡

一、疖

二、疔

三、痈

四、疽

五、臁疮

六、瘰疬

七、头疮面疮

八、诸疮

 第二章 皮肤病

一、风疹

二、天泡疮

三、丹毒

四、汗斑

五、秃疮

六、鹅掌风脚湿气

七、疥疮

八、白癜风

九、疣

十、鸡眼

十一、湿疹

十二、其他皮肤病

 第三章 阴部肛肠病

一、杨梅疮

二、阴疮

三、阴肿阴痛阴痒

四、痔

五、脱肛

 第四章 其他外科病

一、跌打损伤

二、骨折脱臼

三、金疮

四、烧伤

五、冻疮

六、咬螫伤

七、破伤风

 第五章 护发美容

一、鸟发去屑

二、增白灭斑

第三部分 妇科

 第一章 月经病

一、月经不调

二、崩漏

 第二章 带下病

 第三章 妊娠病

一、妊娠恶阻

二、胎漏

三、胎动不安（附：堕胎、小产）

四、妊娠肿胀

五、其他妊娠病

 第四章 产后病

一、缺乳（附：回乳）

二、乳痈

三、产后血晕

四、恶露不绝

五、产后血崩

六、产后诸痛

 第五章 妇科杂病

第四部分 儿科

 第一章 新生儿疾病

 第二章 肺系病证

 第三章 脾胃系病证

 第四章 心肝系病证

 第五章 肾系病证

 第六章 其他疾病

第五部分 五官科

 第一章 眼科疾病

 第二章 耳科疾病

 第三章 鼻科疾病

 第四章 咽喉科疾病

 第五章 口腔科疾病

一、口唇舌疾病

二、牙齿疾病