伊贺和甲贺对忍者事业的最大贡献就在于对忍术韵理论知识和技能进行了系统化的研究，编撰了忍者的修炼宝典—二《万川集海》，以教导忍者如何施行忍术。虽然流派不同，但忍者们都以《万川集海》作为修炼的经典之作。而这本书从某种意义上讲，也是受了中国的巨大影响，是日本人学习中国古代军事精华和密术玄学修炼之道后的概括总结。就连书，的命名也是得益于中国古籍：《文选·左思·吴都赋》中“百川派别，归海而汇”的思想，取各流派忍术精髓的意思。
《万川集海》的结构由以下六大部分组成：“正心”、“将知”、“阳忍”、“阴忍”、“天时”、“忍器”。正心篇梳理了忍术的起源和发展，以及忍者的精神纲领，强调了忍者修炼过程中“正心”是第一位的。将知篇是关于在与敌对阵时如何使用忍者的方法论。阳忍篇是谋略、计略以及思考方式上所包含的忍术精义。阴忍篇是指导忍者如何使用避人耳目的藏身方法，以达到乘敌之隙的目的。天时篇是忍术与天文、气象相关的知识。忍器篇是对忍者使用道具的说明。
《万川集海》将主要忍器分为登器、水器、开器、火器四大类。以登器为例，登器就是指忍者攀登时使用的忍器，虽然和现在的梯子是同义词，但其内涵却远远要丰富的多。忍者使用的登器可谓是五花八门，有结梯、飞梯、钩梯、高梯、探铁、长囊、蜘蛛梯等。余种类型。忍者在执行情报活动时，可以根据不同的需要选择最适用的登器。如钩梯就比较适合攀登悬崖等陡峭的地方，因为它是用麻绳或蕨绳制成的，一脚踩的横杠可以用竹木或绳子制作，较为柔软能够很好地贴合崖壁，并且每个关节处都有钩子，可以增加攀登时的保险系数。
真正的忍者其实并不像电影、漫画或文学作品中所塑造的形象—一总是一袭黑衣蒙面，来无踪去无影。现实中的忍者大多装扮成普通民众，如农夫、商人、化缘和尚、浪人甚至乞丐等，以不同的身份作为掩护，便于在执行任务时能顺利通过敌人境内的各个关卡。只有最平常的外形才不容易引人注目，而忍者的神髓就是在人们尚未察觉的情况下完成任务。所以忍者平时根本不会穿黑色的衣服，哪怕是在夜深人静的时侯执行任务，也不会穿着一袭黑衣。如果是全身黑色装束，轮廓反而会更加明显。通常情况下，如果是在新月或阴天夜晚执行任务时，忍者会穿深蓝色或深紫色的衣服；要是碰到月明星多的夜晚，便换成灰色或茶色的装束，从而提升隐蔽性。有时衣服外面是灰色，里面是茶色，目的就是为了在遇到敌人追击时将衣服反穿，利用颜色变化来逃脱险境。此外，忍者还会对衣服进行特殊改造，以符合进行情报活动时的需要，如衣服布料要用一种含有铁成分的天然染料染制，可以防止毒蛇攻击和蚊虫叮咬。
平时，忍者如平常人一样行走在大街小巷上，就像一棵随处可见的普通的草。“草”于是成为了忍者常用的暗语，意思就是指忍者。忍者使用的忍器也绝不是什么炫人耳目的东西，它们同样不能吸引别人的眼球。忍者由于执行任务的特殊性，通常不用武士刀或长矛，而使用便于携带的短兵器和暗器。而且这些忍器还需要加以改造，以配合忍者扮演的不同身份。由于这些忍器大多是忍者自己发明铸造，所以只有他们自己深知其用法，在旁人眼里这些忽器和一般日用品没什么分别。这也是忍者武器失传的主要原因之一。现代人从各种忍术秘本中所得知的忍器主要有：手里剑、撒菱、忍刀、吹矢、忍杖、手甲钩、水蜘蛛、弓箭、闻金、坪锥、问外等。其中的闻金就是忍者用来搜集情报的一种原始窃听器。由于闻金下面1／4的部分是用纯金打造的，把它插入墙壁、由于质地较软，能够和沙砾等墙缝中的物质结合紧密，然后再拉紧与另一个闻金相连接的钢丝线，把耳朵贴在闻金上，就可以在较远的安静地方窃听到屋中人的对话。
除此之外，忍器还要让别人看不明白是用来做什么的，用过了最好还能收回来再次利用，或者尽量利用身边触手可及的物品，并且还要掩盖使用过的痕迹。如火器篇介绍的狼烟，就是利用燃烧狼粪能冒出浓烟的原理。忍者如果在山里执行任务，就不需要携带什么燃烧物，山里动物的粪便很多，就地取材即可制作需要的火器。
为了防范来自其他割据势力手下的忍者的威胁，忍者的居所也是别具匠心。从外表看来只是普通民宅，但实则十分神秘莫测，处处设有机关暗道。如房间内座位旁边地板一般都安有转轴，当有敌人闯进，只需轻拍木板，背面就可以立即翻转，露出兵器，忍者随即能够操刀应战。屋顶上的木板也通常设计成活动的，拉下来便是折叠楼梯，便于危机时刻隐藏或逃跑。日本传统房门都是拉门，忍者的房间一般不会使用这样的拉门，因为用这样的门容易被敌人堵截，并且出入时声音较大。忍者一般会将自己的房门设计成转门，可以在必要时候给敌人以突然一击。屋阿的墙壁也是处处设有暗门，或用于逃跑，或暗藏兵器。有一间甲贺流忍者房间墙内竟然有17个暗孔，30多种不同的兵器，可谓是一个隐形的兵器展柜。
忍者情报技艺超群，擅于使用各种兵器与暗器；他们身轻如燕，能飞檐走壁，在沙地上飞跑不发出一点声响；在水中屏息可长达5分钟以上，如用特殊水器则可在水底待上一天一夜；他们水性极好，善于在水面和水底搏斗，甚至能潜到船底，偷听船上人的对话……这种种超人技艺都是通过非人的磨练才能习得的。P17-19