样品制备和电泳中那么多试剂都有必要吗？为什么会出现那么多“坏胶”？TOF/TOF还能为蛋白质组做出多大贡献？DDA的液相色谱原理是什么？在线多维液质联用不是可以很轻松地解决成千上万个蛋白质的全自动鉴定吗？十分热门的离子淌度质谱在蛋白质组学中究竟有多大作为？如何确认和评判蛋白鉴定的效果？如何构建本地检索系统？如何自定义修饰？如何进行非标记蛋白质组学分析？本书正是从这样的角度出发，尝试将蛋白质组和质谱研究中的约200个疑难问题进行适当的解析，并结合详细的操作步骤，希望帮助读者“既会做也能明白”蛋白质组研究。

目前国际上蛋白质组学研究蓬勃发展，而我国在中长期的规划中也已经明确加大投入力度。由于蛋白质组学领域的实验具有成本高、周期长、步骤多、需要的知识面较宽等特点，所以对于实验人员的要求比较高。

本书不求学科方向、常规原理上的详细讲解，但求解决实际实验问题，以便大家能够迅速上手开展实验并做好实验。体现了下列特色：

深入探讨蛋白质组学研究中双向凝胶电泳、质谱、生物信息学与蛋白质分析这三方面核心实验内容；

综合多种实验的具体方案，探讨不同实验方法之间的优劣，以期使读者能够迅速在本书中找到最适合、最简便、最具体的实验操作方案；

将蛋白质组和质谱研究中的约200个疑难问题进行适当的解析，结合详细的操作步骤，帮助读者“既会做也能明白”蛋白质组研究。

本书是专为蛋白质组学工作者打造的一本实验手册，可供相关领域的研究生、高年级本科生及其他研究人员参考阅读。

第1章 蛋白质组学概论

 1．1 蛋白质组学研究的背景

 1．2 蛋白质组学的分类

 1．3 蛋白质组学的主要应用

 1．4 蛋白质组学的研究策略

 1．5 蛋白质组技术的最新进展

1．5．1 定量蛋白质组研究策略

1．5．2 串联多维分离策略

1．5．3 蛋白质磷酸化分析策略

1．5．4 蛋白质复合体分析策略

1．5．5 细胞器蛋白质组分析策略

1．5．6 生物标志物的质谱验证策略

 1．6 发展趋势

参考文献

第2章 双向电泳实验设计与统计 分析

 2．1 统计学方法简述

 2．2 实验设计

2．2．1 基本方法

2．2．2 含区组因素的双向电泳实验设计

2．2．3 如何合理进行随机化分组

参考文献

第3章 双向凝胶电泳

 3．1 样品制备

3．1．1 基本概念与原则

3．1．2 实验方案范例

3．1．3 常见问题与解析

 3．2 蛋白质定量

3．2．1 BCA法

3．2．2 Bradford法

 3．3 第一向等电聚焦（IEF）

3．3．1 IPG胶条、IPG缓冲液与水化液

3．3．2 上样

3．3．3 常见问题

 3．4 第二向SDS聚丙烯酰胺凝胶电泳

3．4．1 SDS-PAGE凝胶的灌制

3．4．2 胶条的平衡与转移

3．4．3 聚丙烯酰胺凝胶电泳

3．4．4 常见问题

 3．5 凝胶的染色

3．5．1 蛋白质组学实验中聚丙烯酰胺 凝胶的考马斯亮蓝染色

3．5．2 蛋白质银染色法

3．5．3 二价锌离子负染法

3．5．4 糖蛋白的检测

 3．6 转印

3．6．1 半干转印

3．6．2 垂直槽转印

3．6．3 丽春红染色

3．6．4 常见问题

 3．7胶内酶解

3．7．1 实验步骤

3．7．2 常见问题

 3．8差异荧光表达分析系统

3．8．1 实验步骤

3．8．2 常见问题

 3．9 Blue Native PAGE电泳

3．9．1 实验步骤

3．9．2 常见问题

参考文献

第4章 MALDI-TOF质谱技术与问题解析

 4．1 MALDI-TOF质谱简介

4．1．1 MALDI-TOF质谱仪

4．1．2 MALDI的基质

4．1．3 MALDI-TOF质谱基本操作

 4．2 肽质量指纹谱技术

 4．3 PSD或TOF/TOF肽序列标签技术

 4．4 临床蛋白质组学技术

4．4．1 原位蛋白质组学

4．4．2 液体蛋白质芯片与血清多肽 组学

 4．5 MALDI质谱仪器的维护与注意事项

4．5．1 日常仪器维护

4．5．2 样品检测注意事项

 4．6 常见问题分析

参考文献

第5章 纳升电喷雾串联质谱技术与问题解析

 5．1 电喷雾串联质谱简介

5．1．1 电喷雾电离基本原理

5．1．2 电喷雾质谱的特点

 5．2 多肽测序与蛋白质鉴定

5．2．1 多肽测序

5．2．2 蛋白质鉴定

 5．3 无标记定量蛋白质组研究

5．3．1 基本原理

5．3．2 基于质谱峰强度的定量方法的一般步骤

5．3．3 应用实例

 5．4 蛋白质磷酸化分析

5．4．1 前言

5．4．2 磷酸化蛋白质的分离和检测

5．4．3 磷酸肽的分离

 5．5 离子淌度质谱及其应用

5．5．1 基本原理

5．5．2 在蛋白质组研究中的典型应用

5．5．3 展望

 5．6 多维色谱-串联质谱联用技术

5．6．1 基于多维色谱分离的蛋白质组研究基本原理

5．6．2 主要应用及需要解决的关键问题

5．6．3 展望

 5．7 常规操作、仪器维护与注意事项

5．7．1 Q-TOF质谱仪的日常操作（Waters公司）

5．7．2 Qstar(AB公司)

5．7．3 Bruker HCT电喷雾质谱仪的基本操作规程

 5．8 常见问题解析

参考文献

第6章 蛋白质组数据分析技术

 6．1 生物信息学简介

 6．2 蛋白质组数据库

 6．3 双向电泳数据库

 6．4 生物信息学网站与工具软件

 6．5 MOWSE算法与结果评估

 6．6 蛋白质鉴定与数据库检索方法（Mascot）

6．6．1 Mascot检索参数

6．6．2 数据文件格式

6．6．3 肽的裂解

6．6．4 序列查询

6．6．5 查询结果解析

 6．7 PMF与MS/MS数据组合查库方法

6．7．1 操作流程

6．7．2 结果示例

 6．8 串联质谱数据搜库结果质量控制方法

6．8．1 串联质谱数据搜库结果质量控制的研究现状和问题

6．8．2 结果数据集的质量评价参数

6．8．3 搜库参数优化

6．8．4 展望

 6．9 Mascot的安装与使用简介

 6．10 常见问题解析

参考文献