除了祈求上苍保佑外，朱厚熜还组织许多方术之士来炼丹。为了炼成一种叫秋石的仙丹，大批青春少女被抓进宫中，要用她们初潮的月经为药引。嘉靖二十一年（1542年）的一天深夜，一群不堪凌辱的宫女，愤起抗暴，差点儿就将他勒死。为了检验丹药的功效，不少人中毒而死，老臣严嵩也曾深受其苦，有几次试服丹药后，身上奇痒难忍，两脚长脓，背上生疮，体内如火中烧，还必须将自己的感受详细记下，写本奏进。
自从迷恋上了方术，朱厚熜对政事便无所用心。嘉靖十九年八月，他一度传下谕旨，要让太子监国，自己好专心静摄。宫女谋刺事件发生后，他干脆搬进西苑，终日不出，除了方术之士和个别大臣，外人一概不见。因而，明朝统治中一些固有的问题都日益严重起来，一些新的问题又在不断地产生。
朱厚熜统治的时候，面临的主要问题有三个：一是“南倭北虏”之患愈演愈烈；二是“家家皆尽”的财政窘况；三是官僚、军队的腐败无能。
“南倭北虏”之患，并非始于嘉靖朝。早在明太祖朱元璋（1328～1398年）立国之初，倭寇就已对中国沿海地区进行侵扰，从辽东经山东到广东漫长的海岸线上，岛寇倭夷，在在出没，他们屡屡登岸剽掠，沿海居民深受其苦。然而，经历朱元璋和成祖朱棣（1360～1424年）的有效整治海防和对倭寇的打击，勘合贸易断断续续地进行，在正德以前均未酿成大患。“北虏”，是明代统治者对北元蒙古族部落的蔑称。朱元璋逐元而造大明，元顺帝妥懂帖睦尔（1333～1368年）的子孙退居蒙古大草原，长期与朱明王朝对峙。建文四年（1402年）前后，北元蒙古逐渐形成了鞍靼、瓦刺和兀良哈三部。正统年间（1336～1449年），来自瓦刺的进攻，给了朱明统治者第一次沉重的打击，当时的瓦刺在其首领也先的统治下，势力急剧膨胀，西至中亚，东到朝鲜，大漠南北，尽归其所有。正统十四年（1449年）三月，明英宗朱祁镇（1427～1464年）亲率的明朝大军与瓦刺的部队，在土木堡打了一仗。结果明朝五十万精锐京军几乎全部覆灭，两千余万匹骡马和衣甲器械辎重，尽被也先所得，英宗也做了人家的阶下囚。赖景泰帝朱祁钰（1428～1457年）和精忠报国的于谦（1398～1457年）、陈循（1385～1462年）等大臣的奋力抵抗，挽明于即倾，方才渡过这场危机。尔后，由于瓦刺部与鞑靼部的互相冲突，瓦刺部的逐渐消弱，明代边防在较长的时间里虽是有惊无险，不过明军的防线已退至长城以内，蒙古各部驻牧塞上，他们对明朝的威胁无时不在，尤其是到了秋高马肥的季节，蒙古铁骑便可直抵宣府、大同，迫胁北京。
进入嘉靖以后，外部的情况也变得越来越对明朝不利。作为倭寇一方的日本国，此时已进入他们历史上的战国时代，各路诸侯都争着要与明朝通商，但又受到朝贡贸易的限制，于是一反贸易常规，派出大量的武士、商人和浪人来中国，由武装走私而烧杀抢劫，而明朝一些沿海破产的农民、渔民、盐商、逸囚、罢吏以及走私的商人和被掳的平民，又与他们互通信息，甚至共同行动，使得东南沿海的居民生命、财产没有保障，官府不能正常治理，屡屡派出军队前往弹剿，却往往是事倍功半，劳民伤财，损兵折将。在北元蒙古方面，鞑靼部已取代瓦刺而兴盛起来，达延汗的两位儿子吉囊和俺答，占据河套，雄黠喜兵，为诸部首长。好大喜功、爱慕虚荣的品性，使得朱厚熜一次次地以诡诈为借口，而拒绝了俺答通贡的请求，于是长城脚下，连年烽火不息，以至嘉靖二十九年八月的一天，俺答所部由古北口至密云，转掠怀柔、顺义，前锋七百余骑直逼安定门，大掠村落居民，焚烧庐舍，大火连日不绝，吓得明军不敢出击。此后，年年喊防边，年年遭抢掠，军民百姓致习以为常。
嘉靖朝的财政状况，也是人明以来最匮乏的一个时期，连年征战，供亿繁费，加以土木、祷祀之役，月无虚日，致使中外府藏殚竭，户部的官员们甚至提出变卖抢夺的田地，收取赎军罪银以弥不足，尽管如此仍无法保证正常的开支。经常是俺答的军队已兵临城下，而明军用于犒劳师兵购买酒菜的银两还没有着落，甚至士兵们冬日无驱寒之衣，数日无果腹之粮，打了两、三天的仗，才分得几张薄饼。当时的民间，到处传唱着这样一句民谣，“嘉靖嘉靖，家家皆净，”这对朱厚熜真是一个绝妙的讥讽。在山东、山西、河南、京畿、江北、江南等地，很多地方都有“人市”的存在，在通衢大道上，头插一根草标，父亲卖儿子，丈夫卖妻子，目的就是为了能吃上顿饱饭。P4-5