《神农本草经合注》以原著为基础，节选历代名医如张志聪、叶桂、徐大椿、陈念祖、李时珍等对《本经》所载药物的经典论述，再以编者按的形式简要介绍现代临床上应用与药理研究。着重解析常用中药的性味、功效及临床应用，对一些长期以来被医家忽视或少用的药物重点介绍其功效及现代应用：对一些少见冷僻之药物仅注明其科属，不作过多解释。

上品

 丹砂

 云母

 玉泉

 石钟乳

 矾石

 硝石

 朴硝

 滑石

 空青

 曾青

 禹余粮

 太一余粮

 白石英

 紫石英

 五色石脂

 菖蒲

 菊花

 人参

 天门冬

 甘草

 干地黄

 白术

 苍术

 菟丝子

 牛膝

 茺蔚子

 茺蔚茎叶花穗

 女萎

 防葵

 麦门冬

 独活

 车前子

 木香

 薯蓣

 薏苡仁

 泽泻

 远志

 龙胆

 细辛

 石斛

 巴戟天

 白英

 白蒿

 赤箭

 菴闾子

 菥蓂子

 蓍实

 芝

 卷柏

 蓝实

 蘼芜

 黄连

 络石

 蒺藜子

 黄芪

 肉苁蓉

 防风

 蒲黄

 香蒲

 续断

 漏芦

 天名精

 决明子

 丹参

 飞廉

 五味子

 旋花

 兰草

 蛇床子

 地肤子

 景天

 茵陈蒿

 杜若

 沙参

 徐长卿

 石龙刍

 云实

 王不留行

 升麻

 牡桂

 菌桂

 松脂

 槐实

 枸杞

 橘柚

 柏实

 茯苓

 榆皮

 酸枣仁

 干漆

 蔓荆子

 辛夷

 杜仲

 桑上寄生

 女贞子

 蕤核

 藕实茎

 大枣

 葡萄

 蓬蘽

 鸡头实

 胡麻

 麻

 冬葵子

 苋实

 白瓜子

 苦菜

 龙骨

 麝香

 熊脂

 白胶

 阿胶

 石蜜

 蜂子

 蜜蜡

 牡蛎

 龟甲

 桑螵蛸

中品

下品