明朝末年江南沿海地区倭寇横行，围棋棋坛也面临正义的围棋精神和邪恶的围棋势力发生的冲突。江流儿的父亲江灵运身为朝廷密派的朝廷大员带着江流儿到江南暗中调查通倭事件，江流儿被临时寄养在凌云寺，江流儿在凌云寺与三个小和尚同时对弈大胜，老和尚圆德深感江流儿是百年不遇的围棋天才。
江南围棋四大门派为能在国手大赛中争得“棋圣”称号明里暗里展开了激烈的竞争，处世不深的江流儿被人利用把棋坛搅得乌烟瘴气，老国手刘南如为挽救这个围棋天才被迫与江流儿对弈却被江流儿用长考把老国手拖垮在棋盘上……
《围棋少年》4、5、6三册讲述了江流儿在争霸围棋国手的道路上隐姓埋名，在东郭棋院，北武棋院等地方边学边战，巧遇大明五雄的围棋前辈，一步一步走向“棋圣”的坎坷经历……