本书根据本学科的基本要求和教学规律，把医学微生物学分为了细菌学，病毒学和真菌学三篇。在重点介绍各类微生物共性的基础上，再分别介绍不同微生物的特点，这有利于教师安排教学，学生进行纵向和横向的比较。
在第2版教材的内容方面，贯穿了预防为主的思想，加强了基础知识与临床知识结合。对近年来新现和再现的感染性疾病及其相关病原体作了重点介绍，把微生物基因组学和生物安全两章的内容融入到相关的章节中。教材中增加了分子微生物学、细胞微生物学和实验室生物安全与防护、病毒的致病机制和病毒分类以及灾害医学及其创伤感染的微生物等新内容。
本教材增加了英文摘要、医学网址和相关领域新进展内容，配备了教学光盘。在展望中，还对微生物基因组学、幽门螺杆菌、肝炎病毒、逆转录病毒等领域的科学发展史作了介绍，增强了可读性，旨在促进双语教学，拓宽视野，启迪学生思维，有利于培养学生的自学能力和工作中的创新能力。因此，本书不仅供长学制医学生用，也可供其他医学生、研究生、教师和科研工作者用。