《法华玄义》分“七番共解”和“五重各说”两部分。七番共解即用标章、引证、生起、开合、料简、观心、会异等七科，通解五重玄义。五重各说即就五重玄义的每一重各作详细分别解释。其中第一重释名，详释《妙法莲华经》五字。先释法字，次释妙字,再次释莲华两字,最后释经字。书末还附有“记者私录异同”一篇，是灌顶的附记，内容是杂记异闻与推尊师说等。
本书是智顗对一代佛教的归类总结，其涉猎广泛，包罗万象，名相纷繁，文本结构庞大繁复，思想内容丰富深奥，对这样“百科全书”式著作的研究，非深入其中，不知其甘苦。这不但需要学者对佛教的各种名相和学说有相当的了解，更重要的是，还必须对智顗的哲理有深刻的领悟。