方志权编著的《城乡一体化进程中农民利益保护研究》围绕城乡一体化进程中维护好、实现好、发展好农民利益这一主题,分别从城乡一体化发展、建立土地流转市场机制、创新农业经营方式、促进农村集体资产保值增值、加强农村“三资”监管、推进产权制度改革、实现土地利益保护等方面进行研究。研究采取以下三种方法进行:一是实证分析与规范分析相结合的方法,对上海农民权益保护制度进行分析与评价。二是综合分析系统分析法,对上海农民权益制度进行全面、总体的考察,提出完善和发展的新思路。三是宏观与微观相结合的分析方法,运用微观分析法分析上海农民利益保护制度的现状,运用宏观分析法提供上海农民权益保护制度的对策措施。