唐朝境内各地辖于安西都护府，境内设疏勒都督府(治所在疏勒镇)、蔚头州(治所孤石山)、温肃州(治所大石城)、演渡州(治所去曷饭馆)。今阿合奇分属温肃州、蔚头州；阿图什、阿克陶、乌恰分属疏勒都督府、演渡州。境内各地分属葛逻禄、样磨、处月等部。
北宋、辽时期，境内大部分土地属黑汗(即拉汗)王朝，其中东北部少部分地区(今阿合奇)属西州回鹘，南部少部分地区(今阿克陶)属于阗。公元1210年，喀拉汗王朝为屈出律所灭，州境始属西辽。1218年，西辽为蒙古所灭，蒙古设断事官对境内实施统治。公元1275年，元在阿里麻力设中书行省，州境即辖于该中书行省，由断事官辖治。1281年元改断事官为都护府，州境即属该都护府管辖。1346年，州境又属察合台后王封地。察合台后王为成吉思汗的次子察合台的后裔。
明代初年，辖于别失八里。明永乐十六年(1418年)改别失八里为亦力把里地区，州境又为亦力把里首府大臣朵豁刺惕家族的世袭领地，称朵豁刺惕部。明嘉靖十二年(1533年)，察合台后裔赛义德汗建立叶尔羌汗国，州境属其统治。
清康熙十七年(1678年)准噶尔蒙古部噶尔丹侵入天山南路，州境在准噶尔部的统治之下。清政府平定准噶尔叛乱之后，于乾隆二十四年(1759年)设总理回疆事务参赞大臣，州境即在该大臣的管理之下。乾隆二十七年(1762年)，清政府在伊犁设“总统伊犁等处将军”，州境又辖于伊犁将军。光绪十年(1884年)新疆建省，境内分别辖于新疆省喀什噶尔道的疏勒府、伽师县及阿克苏道乌什厅。
民国初年，境内分辖于喀什行政区伽师县、疏附县、英吉沙县、蒲犁县和阿克苏行政区乌什县。1913年至1944年，境内先后建乌恰县、阿图什县、阿合奇县。
1949年，新疆和平解放，境内阿合奇县辖于新疆省阿克苏专区，阿图什、乌恰等县辖于喀什专区。1954年7月，以柯尔克孜族为自治民族的克孜勒苏柯尔克孜自治州成立。至此，克孜勒苏才形成一个统一的地区级行政建制。
目前，克州辖三县一市(阿合奇县、乌恰县、阿克陶县、阿图什市)，37个乡(镇)，230个行政村。以克孜勒苏河为界，克孜勒苏河以北从乌恰北部、阿图什市的北部直到阿合奇县全境，为天山南麓；克孜勒苏河以南，由北向南包括乌恰县西南部和阿克陶县西南部绝大部分山区，为帕米尔高原和西昆仑山区。
民族人口 克州境内自古以来就是一个多民族聚居的地方，既有从事定居农-耕的土著民族，又有逐水草而迁徙的游牧民族。历史上，羌、伊兰、粟特、塞种、月氏、乌孙、匈奴、处月、样磨、回鹘、黠戛斯、葛逻禄、鲜卑、铁勒、柔然、突厥、口厌哒、吐蕃、契丹、蒙古、汉人及其他土著民族曾在这里从事农耕、游牧、狩猎生产，共同开发建设这块土地。他们不仅在这里生息繁衍，而且在这里驰马逐鹿、争雄称霸，有不少部族曾在这里成就霸业、建立王权，对这里实施统治。
目前，克州依然是多民族聚居的地区，境内有柯尔克孜、维吾尔、汉、塔吉克、回、满、塔塔尔、蒙古、哈萨克、锡伯、乌孜别克等11个常住民族。柯尔克孜族主要分布在乌恰、阿合奇两县及阿克陶县和阿图什市的牧区；维吾尔族主要分布在阿图什市和阿克陶县平原农区；汉族主要分布于自治州各地的城镇：塔吉克族主要分布于阿克陶县的塔尔塔吉克族乡；回族、乌孜别克族、哈萨克等族人口较少，大部分散居于各城镇。
柯尔克孜族有本民族的语言和文字，语属阿尔泰语系突厥语族乞卜察克语支。我国柯尔克孜族使用的文字是以阿拉伯文字母拼写的柯尔克孜文。柯尔克孜族是以经营畜牧业为主的民族，其生产、生活习俗有着游牧民族的典型特点，剽悍勇猛、诚实守信、热情好客、尊老爱幼。柯尔克孜族是马背民族，其骑马跨驼技艺相当娴熟，民间体育和游戏多为马上活动，如马上角力、％i拾银等，叼羊是柯尔克孜族的传统体育运动。柯尔克孜族民间文学极为发达，著名英雄史诗《玛纳斯》是与《江格尔》、《格萨尔王传》齐名的我国三大史诗之一，是世界文学艺术宝库里的瑰宝。
中国柯尔克孜族目前大约有人口17万人，其中80％以上聚居在克孜勒苏柯尔克孜自治州。在南疆的和田、皮山、莎车、英吉沙、塔什库尔干、乌什、阿克苏、温宿、拜城、叶城和北疆的昭苏、特克斯、巩留、额敏等地县也居住着一些柯尔克孜人。
截止到2009年底，克州总人口530 175人，其中维吾尔族337 403人，约占63．6％；柯尔克孜族146083人，约占27．6％；汉族39 704人，约占7．5％：塔吉克族5 455人，回族667人，乌孜别克族1 49人，哈萨克族1 36人，其他民族578人。P4-5