《神奇宝贝特别篇》是一部正在《小学四年生》、《ポケモンファン》、《日本快乐快乐月刊》连载的漫画，连载《钻石、珍珠篇》刚开始改在《小学三年生》连载，但目前又改回《小学四年生》、《小学五年生》、《小学六年生》。而最新的BW篇正在《小学四年生》、《ポケモンファン》、《日本快乐快乐月刊》共同连载。
故事情节主要是跟随神奇宝贝的Nintendo版游戏（从最初的“红.绿”版开始）进行的。这个漫画最大特点之一，每个主角分别对应任天堂所推出电玩版本。这个代表角色不只是游戏中的登场人物，随着版本增多，这种主角也会越来越多。
日下秀憲编著的《精灵宝可梦(特别篇1)》为第一辑。对宝可梦抱有极大兴趣的少年-小智，以勇气、智慧以及对宝可梦充满爱意的心为武器，朝着充满艰辛的冒险旅程迈进！