《温疫论》共2卷，作者吴有性，是一部中医药防治温疫病的专著，对温疫的病因病机、传变规律、治疗方法均有阐述。在病因方面，吴氏认为温疫之为病，并不是伤寒所谓从皮毛而入的风寒之邪，也不是王叔和《伤寒例》所谓的非时之气，而是“非风非寒非暑非湿，乃天地间别有一种异气所感。”它从口鼻而入，造成“遍于一方，延门阖户，众人相等”的疫情。

《温疫论》，作者吴有性，成书于明崇祯十五年（1642），是一部中医药防治温疫病的专著。《温疫论》共2卷，书中对温疫的病因病机、传变规律、治疗方法均有阐述。该书继承了前人的学术成就，并加以发挥阐扬，还提出了具有独到见解和较为完善的温疫病的治疗方法，如认为温疫乃感染戾气所致；提出治疫以逐邪为第一要义等。该书是一部论述急性传染病的专著，对后世温病学说的发展产生了深远的影响，对现代传染病的防治也有一定的指导意义，可供广大中医院校师生、自学者以及临床医师参考。

上卷

原病

温疫初起

传变不常

急证急攻

表里分传

热邪散漫

内壅不汗

下后脉浮

下后脉复沉

邪气复聚

下后身反热

下后脉反数

因证数攻

病愈结存

下格

注意逐邪勿拘结粪

蓄血

发黄疸是腑病，非经病也

邪在胸膈

辨明伤寒时疫

发斑战汗合论

战汗

自汗

盗汗

狂汗

发斑

数下亡阴

解后宜养阴忌投参术

用参宜忌有前利后害之不同

下后间服缓剂

下后反痞

下后反呕

夺液无汗

补泻兼施

药烦

停药

虚烦似狂

神虚谵语

夺气不语

老少异治

妄投破气药论

妄投补剂论

妄投寒凉药论

大便

小便

前后虚实

脉厥

脉证不应

体厥

乘除

下卷

杂气论

论气盛衰

论气所伤不同

蜕厥

呃逆

似表非表似里非里

论食

论饮

损复

标本

行邪伏邪之别

应下诸证

应补诸证

论阴证世间罕有

论阳证似阴

舍病治药

舍病治弊

论轻疫误治每成痼疾

肢体浮肿

服寒剂反热

知一

四损不可正治

劳复、食复、自复

感冒兼疫

疟疫兼证

温疟

疫痢兼证

妇人时疫

小儿时疫

妊娠时疫

主客交

调理法

统论疫有九传治法

温疫论补遗

正名

《伤寒例》正误

诸家温疫正误