莲峰庙初建于明朝，古名为天妃庙，庙内供奉天后娘娘，以及观音、关帝、医灵大帝、神农及金花娘娘等神祗。有清以后，经过多次重修扩建，始成今日规模。清嘉庆年间，香山知县许乃来按西岳华山庙的先例，手书门额“莲峰庙”三字，从此改天妃庙为莲峰庙。
莲峰庙因其坐落莲峰山下而得名，而莲峰山的来历，则有一个动人传说。公元1278年，元兵入侵中原，宋军南逃。左丞相文天祥决定让右丞相陆秀夫护驾，由海路直航潮阳海门。他自己则赶回故乡江西招募勤王义军，准备经福建汀州到海门与陆秀夫部队会合。不料，陆秀夫在海上问路时，渔民把海门听成新会的崖门，使他错向崖门而去。
文天祥赶到潮阳城外，拜过双忠公，留下诗词，埋下战马，来到海门渔村外的矮崖，爬上一块巨石，望着滔滔波海，眼见宋军踪迹杳杳，而半壁山河巳陷敌手，百姓遭异族统治，不由得长叹一声，顿足长啸。
天地被文天祥精忠报国的热忱感动，随着他的长叹顿足，脚下巨石突然裂开，形成一座貌若莲花的山峰。后人遂称此山为“莲峰山”。
莲峰庙天后殿前有一亭台，是清朝官吏到澳门巡阅、审案的场所。清道光十九年(1839年)，钦差大臣林则徐赴澳门查禁鸦片，就在该庙停驻，会见澳葡官员。于是，这莲峰山下的莲峰庙，更与一段国人不应忘记的历史相关。
18、19世纪的澳门，一度没有了建筑的辉煌，城市的繁荣，风气领先的勃勃生机。在罪恶之手的操纵下，澳门街角巷尾中，错落建筑下，一桩桩罪恶的交易在悄悄进行。
一些利欲熏心的葡萄牙商人，最先干起了鸦片走私贸易的勾当，澳门沦为他们的罪恶渊薮。在18世纪初，葡萄牙人就从其殖民地果阿和达曼向中国输入鸦片，1729年前每年通过澳门输入中国内地的鸦片约200箱，此后以每年20箱的速度递增。到1767年至1773年间，每年输入鸦片已达1000箱。当时对华输入鸦片全部由葡萄牙人垄断，澳门成了鸦片走私贸易的中心。后来，由于英美烟贩参与了鸦片贸易的激烈竞争，使澳葡当局所占的贸易份额锐减。
19世纪初，处心积虑叩开中华封建帝国大门的英国人，把罪恶的手伸进了澳门。英国东印度公司在澳门租赁了大片的仓库储存鸦片，当鸦片如一股祸水荼毒中国之际，一些深具忧患意识的爱国官员，一再上书朝廷，历陈鸦片祸害，呼吁禁烟。时为湖广总督的林则徐，眼见着吸食鸦片的恶习从沿海扩展到内地，从达官贵人蔓延到平民百姓，各种商品的销路萎缩过半，而另一半交易都变成了鸦片，白银花花流进了鸦片贩子的腰包。他和黄爵滋等大吏朝臣，几度奏请道光皇帝重治鸦片吸食者，以严厉手段禁烟。
林则徐在他1838年9月的一份奏折中警告说：如果任凭鸦片泛滥，那么几十年之后，中原再也没有能够抵御外敌的士兵，朝廷也拿不出可以充作军饷的白银！这一年，走私到中国的鸦片已达40200箱，中国流失白银2400多万两。道光皇帝为之震撼，连续8次召见林则徐。并于1838年底任命林则徐为钦差大臣，前往广东查禁鸦片。
广州的禁烟在林则徐到来后雷厉风行，力度大大强于以往：烟馆被封、商船被查，外国商人被勒令立即上缴全部鸦片。1839年6月3日，林则徐将查缴的2万多箱鸦片在虎门销毁。
长期在广州一带贩烟的英国商人，有的回英国煽动对华动武，有的逃到澳门暂避风头。林则徐早就注意到英国人利用澳门囤积、加工鸦片的情况，发布的通告指出：“澳门虽滨海一隅，亦是天朝疆土，岂能任作奸犯科之人永为驻足乎？”表示将前往澳门查禁鸦片。他的谕令，于1839年4月底由清朝驻澳门地方长官澳门同知蒋立昂送交葡萄牙驻澳门总督，通告说他将在虎门处理完收缴的鸦片后，就立即到澳门查禁鸦片。 当时林则徐在广州严厉禁缴鸦片，搞得轰轰烈烈，两广为之震动。葡萄牙驻澳门总督对此早有耳闻，故而对林则徐到澳门巡视不敢怠慢。他复信说将预设公馆，准备隆重接待。
据史料记载，1839年之前近百年间，澳门葡萄牙人曾挑起过几次摩擦事端，但都以葡澳方面的屈服而告终。明、清政府在澳门设置官吏、征收关税，一直有效地行使着统治权。清政府对葡萄牙人挑起事端的对应之策，就是切断对澳门的供应，让其难以在此生存。
葡萄牙人对林则徐的前来倒是不太紧张；紧张得像热锅上蚂蚁的，是在广州遭受打击后躲避到澳门来的英国鸦片商。从1836年起，英国人就开始在澳门南环一带居留、贩卖鸦片，并逐渐取代葡萄牙人，控制了鸦片贸易的80％以上。
1839年9月3日清晨，雾散天晴，林则徐和两广总督邓廷桢一起，率官兵200多人前往澳门。这是自1818年两广总督阮元到澳门巡视以后，中国政府大员的又一次巡视，时间相隔21年。
这天清早，林则徐一行进入关闸，澳门行政长官率领百名葡萄牙士兵、4名军官在关闸前恭迎。这一天，刚好是林则徐55岁生日。他在日记中写道：“甫出关闸，则有夷目领夷兵百名迎接，皆夷装戎服，列队披执于阵前，奏夷乐，导引入澳。”
在葡萄牙士兵的护卫下，林则徐等先向莲峰庙进发。
始建于明崇祯初年(1592年)的莲峰庙，在雍正元年(1723年)又经过一次大的扩建，修葺成现在人们看到的规模。由于莲峰庙位居进入澳门中心区的必经之处，所以清代巡阅澳门的官员，都驻扎在这里，并在此办理公务。于是，莲峰庙便不再是一座普通的庙，而是澳门唯一的一座官庙。
在陪同我们的旅游局石先生指点下，我们才注意到在莲峰庙前有两只竖立旗杆的基座。他介绍说，一般的庙宇都属于超尘脱俗的清净地，与官府无涉，故而只设一个悬挂庙旗旗杆。而莲峰庙前设两个竖旗基座，就是因为巡视官员来此公干时，还要在此悬挂官府的旗帜，这是这座庙宇的非常特殊之处。P35-38