全书分为一、二、三篇，我们根据两年来第一版《医学基础》使用过程中发现的问题，对教材内容进行了适当的调整、删加，使之与药学专业的联系更加紧密。
第一篇首先介绍人体基本的正常形态结构、生理功能、代谢。然后以络药途径为主线，进一步学习各给药途径与哪些人体结构、功能相关。
第二篇以微生物、免疫学基础、寄生虫、消毒与灭菌、微生物与疾病、微生物与药学为编写内容。突出微生物和消毒灭菌的知识、技能，加强了微生物与医药学的联系。
第三篇以设问、简明回答的形式描述病理学基本知识，常见疾病的概念、病因、主要表现、该疾病常见相关问题、治疗原则和常用的非处方药、对患者的建议等形式进行编写，并插入了一些相关知识作为课外阅读。增加了内分泌、营养素缺乏疾病诊治概要、常见传染病诊治概要、急性中毒及意外伤害诊治概要等常见疾病内容。