本书概述了10年来在蛋白质组学研究方面积累的经验和取得的成果、面I临的挑战和机遇，并指出了今后研究的方向。本书的内容包括：微生物/模式生物的蛋白质组学、蛋白质组学和细胞生理学、工业微生物的生理蛋白质组学、病原微生物的蛋白质组学以及蛋白质组数据库、生物信息学和生化模型。本书是对于从事蛋白质组学研究的科学家极为有用的参考书。为此，本书组织了军事医学科学院生物工程研究所从事蛋白质组学研究的青年科学家对该书进行翻译，奉献给广大对蛋白质组学研究感兴趣的国内同行，希望能推动蛋白质组学研究在我国取得进一步发展。

本书对微生物蛋白质组学给予了—个详尽的分析和描绘，重点介绍了最新进展和应用以及未来的研究方向。本书的作者们向我们展示了较为简单的微生物在改善疾病预防、治疗以及增加对整个生命体功能生物学的理解方面的大量实验操作，以及这些微生物如何以及为什么能够成为如此有吸引力的研究对象。特别是，本书揭示了微生物蛋白质组学分掀口何在药物的发现方面发挥作用，包括鉴别新的靶点、新的诊断标记物以及前导物的优选。

每个章节都是由该领域的—个或多个权威专家撰写，并被仔细地编排以确保本书保持系统性和连贯性。本书重点强调了目前最有前景的研究策略、相关方法、技术以及工具。关键主题包括以下部分：

从蛋白质组学角度阐述微生物的致病机理

全细胞建模

结构蛋白质组学和计算分析

生物大分子间的相互作用

生理蛋白质组学

使用蛋白质组学数据进行代谢重建

本书在呈现蛋白质组学数据实际应用情况的同时，也明确说明了该领域的局限性，指出未来需要进一步研究的方向。

由国际公认的专家提供的方法和技术在书中均有讲述，因而本书适用于生物化学、微生物学、分子生物学、遗传学、生物医学和药学、生物工程以及兽医学等领域中从事相关研究工作的教师和学生阅读参考。

第一篇 微生物/模式生物的蛋白质组学研究

第1章 微生物的整体生物学：基因组学、转录组学和蛋白质组学

 1.1 引言

 1.2 蛋白质组的展望

1.2.1 进化的复杂性

1.2.2 内在的复杂性

 1.3 各种工具的整合形成一个蛋白质组学“工具盒”

 1.4 基因组、转录组和蛋白质组之间的关系

1.4.1 转录组和蛋白质组学

1.4.2 代谢组和蛋白质组学

 1.5 模式生物为我们更好地了解生物系统做出了什么贡献

 1.6 结论

 致谢

 参考文献

第2章 动态性测量的策略：蛋白质组学的暂时组分

 2.1 引言

 2.2 蛋白质周转机理的展望

 2.3 微生物系统中蛋白质周转的测量

 2.4 蛋白质组动态性测定的策略

2.4.1 生长条件

2.4.2 培养条件

2.4.3 前体的选择

 2.5 实验策略

 2.6 结论

 致谢

 参考文献

第3章 探寻“全蛋白质组覆盖率”

 3.1 引言

 3.2 什么是“全蛋白质组覆盖率”

 3.3 目前阻碍获取更好蛋白质组覆盖率的因素

 3.4 改善蛋白质组覆盖率的可行性策略

 3.5 结论

 致谢

 参考文献

第4章 肺炎支原体的蛋白质组

 4.1 引言

 4.2 肺炎支原体的双向蛋白质组图谱

4.2.1 不溶于Triton X-100的部分

 4.3 全蛋白质组分析的新方法——蛋白遗传绘图

 4.4 双向电泳和MudPIT的比较

 4.5 翻译后修饰

4.5.1 信号肽的切除

4.5.2 蛋白质的切割

4.5.3 磷酸化蛋白

 4.6 其他支原体物种的蛋白质组

 4.7 展望

 参考文献

第5章 古细菌蛋白质组学

 5.1 引言

 5.2 蛋白质组概况

 ……

第二篇 蛋白质组学和细胞生理学

第6章 通过蛋白质组分析阐明单核细胞增生李斯特菌的酸胁迫机制

第7章 细菌蛋白质组在饥饿情况下的氧化

第8章 两种金属还原菌的研究：硫还原土杆菌PCA和奥奈达希瓦菌MR-1的比较蛋白质组学分析

第9章 AMT标签方法确定耐放射性异常球菌和奥奈达希瓦菌的蛋白质组特征

第三篇 工业菌的生理蛋白质组学

第10章 重要的工业菌——谷氨酸棒状杆菌的蛋白质组学

第11章 乳酸乳球菌的蛋白质组学：一个食用细菌的表型

第12章 枯草芽胞杆菌分泌组的蛋白质组学研究

第四篇 病原微生物的蛋白质组学

第13章 在蛋白质组水平上研究细菌致病机制

第14章 应用蛋白质组学方法阐明迟钝爱德华菌发病机制

第15章 一个致死性细菌的计算分析和结构蛋白质组学：从多条战线与结核分枝杆菌作斗争

第16章 植物病原性卵菌和真菌的蛋白质组学研究

第17章 从蛋白质组学洞察白色念珠菌的生物学和致病性

第18章 蛋白质组学在念珠菌病的诊断、治疗和预防中的作用

第19章 为开发针对布鲁杆菌属的细菌菌蜕疫苗寻找候选蛋白质

第20章 基因组学和蛋白质组学在反向疫苗中的应用

第五篇 蛋白质组数据库、生物信息学和生物模型

第21章 用于蛋白质组计算机分析的数据库和资源

第22章 微生物蛋白质的种内与种间比较：获得有关基因祖先、蛋白质功能以及物种生活方式的信息

第23章 微生物代谢的分子动力学模型

参考文献

索引